Нет, это была обстановка, ни в коей мере не подходившая для Дюбуа. Помимо всего прочего, в Уилберфорсе периодически собиралась верхушка негритянской церковной иерархии, епископы и будущие епископы. И если кто из преподавателей хотел укрепить свое положение, он должен был искать покровителей среди духовенства, внимательно следить за внутренней борьбой и интригами, которые раздирали эту церковную верхушку. Дюбуа чувствовал себя чужаком в этой среде, и церковное руководство Уилберфорса терпело его до поры до времени, отдавая должное его высокой профессиональной подготовке, педагогическому таланту и исключительной добросовестности.
Здесь, в Уилберфорсе, Дюбуа нашел свое личное счастье. Во время работы в этой духовной семинарии он познакомился с Ниной Гомер, отец которой работал поваром в одной из гостиниц, а покойная мать была уроженкой Эльзаса. В мае 1896 года Дюбуа женился и поселился с молодой женой в Уилберфорсе, отгородив в мужском общежитии двухкомнатную квартиру, отнюдь не похожую на апартаменты профессора; спальня выходила окнами в овраг, а для того чтобы попасть в «гостиную», надо было пройти через общий зал общежития. На лучшие жилищные условия Дюбуа не мог рассчитывать, так как его материальное положение было довольно стесненным. Надо было выплачивать долг Фонду Слейтера, питаться, одеваться, покупать книги, и все из скромного оклада в 800 долларов в год. Причем жалованье выплачивалось очень неаккуратно, и нередко приходилось ловить казначея и воздействовать на него самым решительным образом, чтобы получить положенную сумму.
Серьезные неприятности доставляли Дюбуа напряженные отношения, сложившиеся у него с епископом Арнеттом, который являлся некоронованным властелином Уилберфорса. С присущей ему прямотой и решительностью Дюбуа выступил против назначения сына епископа преподавателем. «Бен Арнетт-младший, — вспоминал Дюбуа, — так и не стал преподавать в Уилберфорсе. Но победил и епископ. Свой высокий пост он занимал пожизненно, и тот, кто ему не нравился, недолго мог удержаться в Уилберфорсе. Епископ уступил моему свирепому, безудержному натиску, но я прекрасно понимал, что дни мои в Уилберфорсе сочтены».
Дюбуа не мог использовать в Уилберфорсе свои знания, ему не удалось реализовать планы по изучению социологии негров, многие его начинания наталкивались на глухую стену равнодушия, а нередко и прямого противодействия. Разочарования Дюбуа в связи с этим были тем более тяжелыми, что при надлежащей постановке дела в Уилберфорсе можно было добиться очень многого. Потенциальные возможности этого учебного заведения были исключительно велики, так как Уилберфорс в значительной мере был духовным центром для всех негров США. Сюда ехали учиться негры из южных и северных штатов, с побережья Атлантического и Тихого океанов.
Осенью 1896 года Дюбуа пригласили на пятнадцать месяцев помощником преподавателя в Пенсильванский университет в Филадельфии. Дюбуа должен был заниматься
Сразу же после получения приглашения от Пенсильванского университета Дюбуа вместе с женой направился на Восток, в Филадельфию. Непосредственной причиной, побудившей ректорат университета пригласить на работу цветного преподавателя, что было явлением чрезвычайно редким, являлась необходимость научного изучения положения негров в Филадельфии.