Занимаясь на протяжении многих лет изучением негритянской проблемы, Дюбуа пытался понять и объяснить с научной точки зрения, в чем корень зла, почему расовая ненависть столь сильно распространена в Соединенных Штатах и проявляется в таких диких формах. А свидетельств чудовищных антинегритянских выступлений было много. С особым возмущением относился Дюбуа к линчеванию негров.
На протяжении двадцати лет Дюбуа редактировал «Крайсис» — журнал Национальной ассоциации содействия прогрессу цветного населения и регулярно сообщал в этом журнале факты о линчеваниях негров. Ужасна сама по себе картина расправы озверевшей толпы с беззащитной жертвой, но, как правило, суд Линча сопровождался и такими садистскими пытками обреченного на смерть негра, что трудно поверить в возможность подобного в наше время и в цивилизованной стране.
Подробнейшая информация о линчеваниях стекалась в «Крайсис», и эти материалы послужили для Дюбуа документальной основой при описании линчеваний в его художественных произведениях. Статистика линчеваний, публиковавшаяся Дюбуа, и описание этих варварских действий в его художественных произведениях привлекали внимание широкой общественности страны к положению негров, это была важная форма борьбы за решение негритянской проблемы. Это была действенная форма борьбы с помощью художественных средств против самого варварского проявления расизма. Вот одно из описаний расправы линчевателей над негром, убившим в порядке самозащиты белого, и над его женой: «Обоих привязали к деревьям и стали разводить костры. Негров заставили вытянуть руки и начали один за другим рубить им пальцы. Отрубленные пальцы тут же расхватывали в качестве сувениров. Убийце отрезали уши. После этого его жестоко избили, проломив череп, глаз, выбитый чьей-то палкой, вывалился из глазницы и повис на нерве. Ни сам Холберт, ни его жена не просили пощады. Ни стона, ни жалобы не вырвалось из их уст. Толпа подвергла их мучительной пытке. В тела несчастных ввертывали большой бурав — в руки, ноги и туловище, — потом вытаскивали, всякий раз выдирая огромные куски кровавого, еще трепещущего мяса. После этих истязаний изуродованные тела сожгли».
Уже в начале своей деятельности Дюбуа разоблачал лицемерие церкви Юга, которая своим авторитетом фактически прикрывала линчевателей и расправлялась с теми, кто пытался использовать церковный амвон для борьбы против судов Линча. В своих речах, публицистических статьях, художественных произведениях Дюбуа выступал против ханжества и лицемерия церковников.
В одном из своих последних романов он описывал, как проходил в 1904 году в Атланте всеобщий съезд священнослужителей «белой» методистской церкви штата Джорджия. На съезде выступил один белый священник и рассказал о линчевании беременной негритянки, которая прокляла толпу погромщиков, убивших ее мужа, и поклялась, что назовет суду имена его убийц. «За это негодяи схватили ее и, привязав к дереву, распороли ей живот…
— Не надо! — раздалось несколько голосов, и епископ шагнул к говорящему. Но бледный молодой проповедник вскочил на кафедру и закричал:
— …распороли живот, и не родившийся еще младенец упал на землю. Потом они облили женщину бензином и сожгли…
Несколько человек схватили священника. Епископ, подняв руки, громовым голосом потребовал тишины.
— Не судите, да несудимы будете, — произнес он. — Пути господни неисповедимы…
— Господа там не было! Господь даже пальцем не пошевелил! И никто из вас не сделал ничего! Позор…
Но тут проповеднику заткнули рот и поспешно увели прочь».
Под предлогом психического заболевания священника отправили в больницу для душевнобольных, которая была настоящим кромешным адом. Так расправлялась церковь с теми, кто решался выступить против позорной практики суда Линча.
В период работы в Атлантском университете Дюбуа все еще продолжал верить в то, что путем просвещения можно решить негритянскую проблему. В конце жизни, подводя итоги большому проделанному пути, Дюбуа писал: «Я никак не мог убедить себя в том, что моя программа разрешения негритянской проблемы путем научных исследований бесполезна». Конечно, столь категорическое заявление Дюбуа не следует понимать в том смысле, что огромная работа, проделанная им по изучению негров, не дала никакого положительного результата. Наоборот, и с научной и с общественно-политической точки зрения исследования Дюбуа имели первостепенное значение, в частности они привлекали внимание общественности к ужасающим условиям, в которых находились негры, и к негритянской проблеме в целом. Но как универсальное средство решения негритянской проблемы путь, избранный Дюбуа, был бесперспективен. Жизнь со всей неумолимостью подтверждала это. Действительно, все больше делалось для научного изучения негритянской проблемы, росло число учащихся-негров, велась большая разъяснительная работа среди белого населения, «мудрец из Таскиги», как называли Вашингтона, проповедовал смирение и подчинение негров белым, и все напрасно. Расовая ненависть все более разгоралась, и ее проявления становились все более отвратительными.