Как бы то ни было, но царь и царица со всей страстью вмешались в процесс канонизации блаженного. В качестве верховного опекуна церкви Николай II потребовал, чтобы ему представили подробный отчет о расследовании дела и приказал, чтобы оно было завершено как можно скорее. Впредь это дело стало навязчивой идеей монархов: они провели продолжительные беседы с митрополитами Санкт-Петербурга, Киева и Москвы, с обер-прокурором Синода, с тамбовским епископом и с игуменом Саровского монастыря. Но что более всего их обрадовало, так это то, что их любимый Филипп, совмещавший свои знания в магии с простодушной и глубокой набожностью, полностью поддержал их ревностные старания. Этого было достаточно для того, чтобы нарушить спячку Священного синода, который немедленно обнаружил в жизни отшельника Серафима неожиданную кладезь добродетелей, заслуг и чудес. Словно по мановению волшебной палочки, все трудности были преодолены, задержкам в рассмотрении дела была положен конец, а все возражения были отвергнуты.
Двадцать четвертого января 1903 года московский митрополит представил императору доклад, рекомендовавший: 1) включение Блаженного Серафима в список святых; 2) показ его смертных останков в качестве мощей; 3) подготовка специальной службы в его честь. Внизу доклада царь начертал: «Почитал с чувством неописуемой радости и с глубочайшим волнением». Указ о канонизации получил императорское одобрение и был выпущен в свет 11 февраля.
Осталось только отпраздновать епископские литургии, которые окончательно повышали блаженного до ранга святого. Император решил, что литургии должны быть проведены с необычайной помпой. Он будет лично присутствовать с императрицей и со всей императорской семьей.
Подготовка к празднествам заняла несколько месяцев. Церемонии начались 30 июля. В течение целой недели Саровский монастырь стал местом притяжения всего высшего духовенства империи, тысячи священников, монахов и монахинь, громадного числа официальных лиц и офицеров, не говоря уже о разнообразной глазеющей толпе из ста тысяч паломников и странников. Их величества прибыли вечером и были встречены звуками церковных гимнов и перезвоном церковных колоколов. Служба продолжалась всю ночь.
Следующий день, 31 июля, начался заутренней службой и причастием, их величества подошли к священному столу. Днем была проведена еще одна погребальная служба в честь вечного успокоения души, которую предстояло славить. Вечером останки Серафима пронесли по церквям и в монастыре: император помогал нести гроб. Примерно в полночь драгоценные мощи были в первый раз выставлены на обозрение для того, чтобы им поклонились верующие. Затем до самого утра без перерыва следовали одни за другими молитвы, литании и псалмы.
Первого августа его светлость Антоний, митрополит Санкт-Петербурга и глава Священного синода, торжественно провел епископальную службу для канонизации, она продолжалась почти четыре часа. Ближе к вечеру мощи Серафима были вновь пронесены в торжественной процессии по городу и в монастыре. Следующий день был посвящен проповедям, восхвалениям святого Серафима, провозглашениям аллилуйи и целому ряду менее значительных служб. Третьего августа, как бы завершая все эти бесконечные религиозные обряды, церковь, только что построенная, была освящена именем нового святого.
Через год, 30 июля 1904 года, императрица родила нынешнего наследника престола, царевича Алексея.
Когда произошло это счастливое событие, Филипп уже потерял императорскую благосклонность.
Несчастье, случившееся с императрицей 1 сентября, было самым решительным образом использовано против него: предвидя закат его счастливой судьбы, многие его сторонники поспешили отступиться от него. Некоторые из них зашли настолько далеко, что заявляли, будто у него дурной глаз и что на нем даже метка Антихриста. Более того, продолжительные близкие отношения, существовавшие между этим иностранцем и монархами, стали оскорблять национальное чувство. Пуританские круги в Москве были возмущены тем, что император позволил, чтобы его дворец был осквернен черной магией этого еретического шарлатана. И вновь, хотя чудотворец во всеуслышание заявлял, что живет в мире, далеком от мирских забот, и игнорирует всё политическое, он был более или менее сознательным орудием для осуществления многих интриг. Таким образом, он постепенно стал объектом неукротимой ненависти. Весной 1903 года нападки на него усилились. Из Парижа, от Рачковского, поступали необходимые сведения для инициаторов этих нападок. Вооруженный информацией, полученной от французской полиции, Рачковский даже направил доклад непосредственно императору, привлекая его внимание к трем судебным приговорам Филиппу.