Таким образом высший правительственный класс Московского государства составляли люди родословные, знатные, аристократы, говоря языком нашего времени. Эти родословные люди путем местничества строго держали высшее управление в своем кругу и сообщали всему государственному строю Московского государства аристократический характер; другими словами, царь всея Руси правил при помощи знатных людей, знатных по происхождению, которых он не мог не назначать на высшие должности, а назначая, должен был руководствоваться «породой» тех, кого назначал, а не заслугами их на службе. «Глядя на такой состав высшего правительства в первой половине XVI в., – говорит профессор В.О. Ключевский, – приказный московский публицист, умевший “воротить” летописцами и родословными, мог основательно сказать: “То все старинные привычные власти Русской земли; те же власти, какие правили землей прежде по уделам; только прежде они правили ею по частям и поодиночке, а теперь, собравшись в Москве, они правят всею землей и все вместе, в известном порядке старшинства расстанавливаясь у главных колес правительственной машины”. Но если московское боярство своим новым составом могло производить такое впечатление на общество, то его правительственное положение давало и ему право сказать: мы, советники государя Московского и всея Руси, потому и призываемся к власти в Думу, что мы сами по себе власти всей Русской земли; теперь государь правит Русской землей с нами именно потому, что мы, то есть наши отцы, правили ею и без него».
Но когда московский князь стал великим князем, царем и государем самодержцем всея Руси, он не мог признавать стремлений княжого боярства на обязательное для него первенство княжат в Думе и на службе. Новое отношение к высшей знати со стороны московских государей возбуждало в среде бояр опасения и желания во что бы то ни стало сохранить свою власть. В среде княжат подымалась глухая борьба, козни, интриги, сношения с иноземцами, – все в целях охраны своего верховного положения в государстве. В малолетство сына Василия III эти затаенные стремления знати вскрылись, а когда малолетний великий князь Иван Васильевич вырос и стал грозным царем Иваном Васильевичем, впечатления детства дали ему достаточно тяжелых воспоминаний, чтобы внести озлобленность в его отношения к советникам верховной власти. Началась знаменитая борьба царя Ивана со знатью. Путем опричины он сделал княжую знать бессильной и значительно подорвал ее богатства. Многие знатные семьи были истреблены. Чтобы умерить в Думе значение бояр-княжат, царь Иван стал назначать туда людей незнатных, но знающих дело и зависевших в своем благополучии не от «породы», а от него – великого государя. Таких незнатных, но нужных ему людей царь Иван жаловал чином думных дворян. Они заседали в Думе вместе с боярами и окольничьими.
Преследуя знать и стараясь держать ее по возможности дальше от непосредственного участия в делах, царь Иван и в приказы назначал по-прежнему на первые места бояр, а в товарищи им давал дьяков, людей простых, выслуживавшихся только своим знанием дела. Дьяки являются в XVI веке собственно настоящими правителями приказов и в этом звании оказывают сильное влияние на дела в Боярской Думе, участвуя в ее заседаниях в чинах думных дьяков.
Таким образом с конца XVI века Боярская Дума перестает быть советом исключительно знати, княжат, потомков удельных князей при государе всея Руси, и в среду ее начинают проникать новые люди, незнатные, в чинах думных дворян и думных дьяков. Думные дьяки не имеют права сидеть в Думе без разрешения государя, но участвуют во всех делах с таким же правом голоса, как и первостепенные бояре и окольничие.