Едва он отъехал несколько вёрст от Петербурга, как его догнал курьер с царским приказанием отобрать все иностранные ордена; русские ордена отобрали ещё в Петербурге. Когда обоз достиг Твери, его догнал новый курьер с приказанием высадить князя и всю семью из экипажей и везти в простых телегах, – и его доставили из Твери в Раненбург в простых телегах. Но Меншикову не давали покоя и в изгнании. В Петербурге зазвучали разные обвинения, отчасти справедливые, отчасти вымышленные. Рассказывали, что он сносился с прусским двором и просил себе 10 миллионов взаймы, обещая отдать вдвое, когда получит престол. Уверяли, что, пользуясь своим могуществом, он с целями захвата верховной власти хотел удалить гвардейских офицеров и заменить их своими любимцами. Что от имени покойной императрицы он составил фальшивое завещание, подписанное великой княжной Елизаветой, которая по неграмотности матери всегда за неё подписывалась.
Также ставили ему в вину, что он, заведуя монетным делом, приказал выпускать плохого достоинства деньги, обращая в свою пользу не включённую в них долю чистого металла. Припоминали и прежние его грехи: как, пользуясь доверием Петра I, он обкрадывал казну и через то нажил несметное богатство. Говорили, что вещи, которые он взял с собой, стоили, по мнению одних, пять миллионов, по мнению других – двадцать.
Обвинили его также в тайных сношениях со Швецией в ущерб интересам России: якобы ещё при жизни императрицы Екатерины I он похвалялся перед шведами, что у него в руках военная сила, и он не допустит ничего вредного для Швеции, и просил, чтобы шведский король не забыл его за такое приятельское предупреждение. Заодно обвинили и в шпионаже в пользу Швеции, за что он вроде получил пять тысяч английских червонцев. Арестованные секретари Меншикова, спрошенные по этому делу, не показали ничего ему во вред. Падшего временщика обвинили ещё в том, что, выдавая голштинскому герцогу пожалованные ему 390 000 рублей, взял он с него взятку – 60 000 рублей. Герцог это подтвердил, и Верховный тайный совет послал к Меншикову в Раненбург 120 вопросных пунктов.
1728. – Нападение татар на Малороссию. Член Академии наук Мюллер основывает «Санкт-Петербургские ведомости», которые, по образцу английских газет, не только сообщают новости, но и занимаются распространением знаний. Верховный тайный совет продолжает расширять свою власть; в его подчинение переходят коллегии. Упразднение Малороссийской коллегии и восстановление гетманства. Совет решает созвать в Москву депутатов для завершения работы над законодательством.
В марте в Москве у Спасских ворот было найдено подмётное письмо, составленное в оправдание Меншикова: это письмо окончательно ему повредило, потому что его сочли делом рук самого Александра Даниловича, прибегшего к такому средству ради своего спасения. Решено было конфисковать его имущество, тем более, что в это время из разных коллегий и канцелярий поступали требования о возвращении денег и материалов, незаконно им захваченных. Верховный тайный совет указал Меншикову с семейством новое место ссылки – Берёзов (ныне Берёзово Тюменской области), дав всем членам семейства и их прислуге по шесть рублей кормовых денег в день, а свояченицу Меншикова Варвару Арсеньеву приказано было постричь в женском Сорском монастыре в Белоозерском уезде.
У светлейшего князя было конфисковано 90 000 душ крестьян и города: Ораниенбаум, Ямбург, Копорье, Раненбург, два города в Малороссии – Почеп и Батурин, капитала до 13 миллионов рублей, из которых 9 миллионов находились на хранении в иностранных банках, да сверх того на миллион всякой движимости и бриллиантов, и одной золотой и серебряной посуды более 200 пудов.
Равнодушие, с которым Меншиков наблюдал за конфискацией своего имущества, наводило на мысль, что большую часть своих сокровищ он спрятал, надеясь вернуться из ссылки. Однако самые тщательные розыски в 1730-е годы не дали никакого результата. Отправляя былого сподвижника Петра в ссылку, отняли у него всё приличное платье, одели в одежду простолюдина. Такому же переодеванию подверглись и члены его семьи. Жена Меншикова не вынесла унижения; она ослепла и, не доехав до Казани, умерла. Меньшиков сам похоронил её.
В Тобольске губернатор дал ему 500 рублей; на эти деньги Меншиков приказал накупить разных запасов: хлебного зерна, вяленого мяса, разных орудий: пил, лопат, рыболовных сетей, также всяких необходимых вещей для своих детей, а лишнее, что оказалось из этой суммы, велел раздать бедным. Приехав в Берёзов, он сам и восемь слуг, согласившихся разделять изгнание своего господина, приступили к постройке дома: недаром Пётр I приучил его владеть топором и молотком. Меньшиков кроме дома построил ещё деревянную церковь. Через шесть месяцев его старшая дочь скончалась от оспы; двух других детей, тоже заболевших оспой, ему удалось вылечить, но сам Меншиков заболел, и скончался 22 ноября 1729 года. Оставшиеся в сиротстве его дети по восшествии на престол Анны Ивановны были возвращены из ссылки и вступили во все права русского дворянства.