Помимо проблем династических и внешних, правительство Екатерины плотно занималось и делами внутреннего устройства.
В 1725 году отношения с многочисленными сибирскими народами были, в целом, мирными. Однако приходилось держать воинские контингенты между собственно Россией и Сибирью. Это была Закамская оборонительная линия крепостей: Ставрополь (ныне Тольятти) – Мензелинск; по реке Каме до устья Чусовой (Пермь); далее линия шла чуть южнее Чусовой (Кунгурские городки) до Исети. Затем по Исети вниз (Екатеринбург, Колчедан, Катайск, Шадринск, Исетск, Ялуторовск) до Тобола. Несколько крепостей на реке Тоболе (Тобольск, Царёво Городище = Курган), также по Ишиму (Петропавловск), Иртышу (Омск) и Таре. Имелась ещё военная база в Уфе.
Правительство было озабочено тем, чтобы привести башкиров в истинное подданство. Но для этого на границах с Башкирией нужны дополнительные войска. А вот и подтверждение остроты вопроса, – фрагменты доношения В. Геннина императрице Екатерине I от 15 марта 1725 года:
«Всемилостивейшей нашей государыне императрице нижайшее доношение. Понеже моё, нижайшего, мнение о опасности от башкиров, ежели совокупятся вместе с Казачьей ордой и с каракалпаками, и с контаишиными людми, и с другими ордами, то они могут великой вред России учинить, и в то время, ежели когда с других сторон, а наипаче от турок, воина будет, то чего храни Боже, то великая опасность быть имеет от оных домашних мятежников. Того ради по своей ревности, хотя оное у меня не спрашивается, однако должно мне о таком деле объявить нижеписанное.
1. Для охранения сибирских заводов и пограничного рубежа, чтоб всеконечно определено было несколко полков по сибирской границе от Екатеринбурха по Исецким, Тоболским и Ишимским слободам до Тары, как в прежних моих доношениях к его императорскому величеству было объявлено пространно.
2. Наипаче в нынешних времянах другие полки надлежит определить по Каме-реке и при них доброго и искусного командира, которой бы мог иметь и на оборот глаз опасной, как шпагой, так и пером, а корыстей и прихотей бы своих ко исполнению не искал, но самой бы совестию доброй и правдивой человек, которой может не токмо чрез страх и кроволитие, но чрез доброе и ласковое обхождение и правдивой порядок привести непокорной народ в подлинное подданство, и чтоб тот командир не токмо над Камским и Казанским граничными рубежами имел команду, но имел бы такую ж команду и надзирание над сибирским рубежным чертежем и над Уфою…
5. Которые горотки по реке Каме от устья вверх огорожены деревянными фортификации, оные надлежит всеконечно починить и исправить, и снабдить доволною артиллериею и аммунициею, и пушкарями, и ко оному определить одного артиллериста, которой бы все оные ведал, и что повредтца исправлял.
6. Тако ж надлежит поступать с кунгурскими рубежными острожками и с теми слободами, которые от устья Чюсовои Сибирью до Иртыша и до Тары, как выше сего объявлено, понеже Господь Бог под своею десницею Сибирь до сего времяни хранит от таких спокойных соседей, которые силны и многолюдны…»
Однако строительство Ново-Закамской линии началось только при Анне Иоанновне, о чём мы поведаем в своё время.
В феврале 1726 года Екатерина учредила Верховный тайный совет, отобравший ряд полномочий у Сената. В её указе, в частности, говорилось:
«За благо мы рассудили и повелели с нынешнего времени, при дворе нашем, как для внешних, так и для внутренних государственных важных дел, учредить Верховный Тайный Совет, при котором мы будем сами присутствовать. В том Верховном Тайном Совете быть при нас из первых сенаторов, а вместо их в Сенат выбраны будут другие, которые всегда при одном сенатском правлении будут. Быть при нас в Тайном Верховном Совете нижеписанным персонам: генерал-фельдмаршал и тайный действительный советник светлейший князь Меншиков, генерал-адмирал и тайный действительный советник граф Апраксин, государственный канцлер и тайный действительный советник граф Головкин, тайный действительный советник граф Толстой, тайный действительный советник князь Голицын, вице-канцлер и тайный действительный советник барон Остерман…»
Председателем Совета считалась она сама, а в числе семи его членов кроме А. Д. Меншикова, как видим, оказался и один из его противников князь Д. М. Голицын, и влиятельный Пётр Толстой. Императрицу на заседаниях Совета представлял её зять Карл Фридрих Гольштейн-Готторпский. Поскольку сама императрица делами и размышлениями о государственном устройстве себя особо не занимала, надо полагать, близкие к ней люди подсказали ей этот план, чтобы ограничить излишне, на их взгляд, амбициозные планы Меншикова. В России степень близости к царскому уху вообще многое, если не всё, определяет для людей элиты.
Верховный тайный совет снизил размер подушного налога, отменил участие армии в его сборе, облегчил служебные обязанности дворянства. Дворянам предоставили право торговать во всех городах и на пристанях (раньше таким правом обладало лишь купечество).