По сравнению с первыми полученными в Лейпциге результатами, изучение атомных реакций продвинулось довольно далеко. Под конец своей работы ученые Германии научились получать примерно половину того объема расщеплений ядра, какое было необходимым для поддержания цепной реакции. Однако Гейзенберг знал, что дальше ему продвинуться не удастся. Когда группа захвата, состоявшая из солдат армии США, настигла его в Альпах, он, несмотря даже на то, что части Вермахта еще продолжали вести бои в расположенных неподалеку городах, сдался в плен с таким спокойствием, точно лишь этого и ожидал.
Вышедшего в 1946-м на свободу Гейзенберга в Германии встретили, как героя. Оппенгеймер же еще и до окончания войны понимал, что послевоенная его жизнь легкой не будет. В конце 1930-х он участвовал в левом движении, и хотя профессору физики из Беркли такое прошлое ничем серьезным не грозило, когда Оппенгеймер возглавил работы, проводившиеся в Лос-Аламосе, ФБР собрало о нем исчерпывающие сведения. Затем он при первой встрече с представителями военной разведки солгал о некоторых подробностях своего прошлого. Несколько высокопоставленных чиновников пожелали отстранить Оппенгеймера от работы, однако Гроувз его отстоял, и в отместку враги Оппенгеймера начали попросту изводить его: большую часть времени, которое он провел на руководящем посту, телефон и квартира Оппенгеймера прослушивались, прежних друзей его подвергали допросам, а во всех разъездах за ним велась слежка. Жена Оппенгеймера начала пить, и пить сильно, а он, хоть и не подвергавшийся пока прямым нападкам, знал, что его найдется, чем шантажировать: ФБР следило за ним во время поездок в Сан-Франциско, где он проводил ночи с женщиной, с которой был близок в прошлом.
Что еще более важно, он знал о том, что произошло на озере Тинишё и что может произойти в Тихом океане. Сегодня широко распространено мнение, согласно которому атомная бомбардировка Японии была очевидным образом оправданной, поскольку альтернативой ее стало бы вторжение, которое могло привести к куда большему числу жертв. Однако в то время подобная ясность отсутствовала. Основная масса японской армии для американских сил угрозы не составляла, - она была изолирована в Китае, перебраться на родные острова ей не позволяли американские подводные лодки, к тому же над ней уже нависала огромная армия русских, готовая уничтожить ее, как только будет накоплено достаточное для этого количество сил. Значительная часть японской промышленности лежала в руинах. В начале 1945-го перед стратегическими бомбардировщиками США была поставлена задача: разрушить от тридцати до шестидесяти больших и малых городов Японии. К августу уже было разрушено пятьдесят восемь.
Руководивший тихоокеанской кампанией Дуглас Макартур вовсе не считал вторжение в Японию необходимым; председатель Комитета начальников штабов адмирал Лейхи и тогда, и впоследствии твердо держался мнения о том, что необходимость в применении атомной бомбы отсутствовала; Кертис Лимей, командовавший стратегической бомбардировочной авиацией, соглашался с ним. Даже Эйзенхауэр, который без всяких угрызений совести уничтожил бы, если бы этого потребовала безопасность его войск, тысячи солдат противника, усиленно противился использованию атомной бомбы, о чем и уведомил тогда же престарелого военного министра Генри Стимсона: «Я сказал ему, что выступаю против этого по двум причинам. Первая: японцы готовы капитулировать и нужда наносить по ним удар этой страшной штукой отсутствует. Вторая: мне претит мысль о том, что наша страна первой использует такое оружие. Что ж... старый джентльмен только рассвирепел...»
Ощущение, что бомба может и не понадобиться, было настолько сильным, что пошли разговоры о возможности сначала продемонстрировать ее в действии или, по крайней мере, изменить формулировки требования о капитуляции, ясно указав в нем, что император Японии сможет сохранить свое место. Оппенгеймер присутствовал на множестве совещаний, посвященных обсуждению этих вопросов: внимательно слушал, высказывался - не без уклончивости - за применение бомбы, если таковое потребуется, но одновременно и поддерживал оговорку о сохранении императора.