Существование киломбос внесло огромный вклад в развитие и эволюцию Капоэйры. Было по крайней мере десять крупных киломбос, каждый со своей внутренней социально-экономической организацией и коммерческими отношениями с прилегающими городами. Киломбо дос Палмарес (quilombo dos Palmraes) просуществовало в течении 67-ми лет в глубине штата Алагоас (Alagoas), отражая почти все экспедиции посылаемые уничтожить его. И поэтому, по причине постоянности и характера существовавшей угрозы, Капоэйра, развила свою структуру как борьба именно в Киломбос. Зародыш Капоэйры как зачаточного вида единоборства появился в рабских кварталах, и возможно не совершенствовался бы дальше, останься он в той же окружающей обстановке.
Начиная примерно с 1814 года, Капоэйра и другие формы культурного выражения африканцев, стали подвергаться репрессии, и были запрещены рабовладельцами и надсмотрщиками во многих местах. До этой даты, эти формы были разрешены и даже иногда поощрялись, не только в качестве мер предосторожности против внутреннего давления, возникшего вследствие рабовладельческого строя, но также, и как способ выявить различия между всевозможными африканскими группами, в духе «разделяй и властвуй». Но с прибытием в Бразилию Короля Португалии Дома Жоао VI (Dom Joao VI) и его двора в 1808-м, который искал убежища от вторжения в Португалию Наполеона Бонапарта, вещи изменились. Вновь прибывшие осознали необходимость уничтожения всяких признаков африканской культуры, чтобы доминировать над рабами, и Капоэйра подверглась гонениям, и оказалась окончательно объявленной вне закона в 1892-м году.
Было много мотивов для запрещения Капоэйры. Прежде всего, она давала африканцам ощущение национальной сплоченности. Она также развивала чувство уверенности у тех, кто ее практиковал. Капоэйра создавала маленькие, организованные группы. Она также рождала проворных и опасных бойцов. Бывало, что рабы ранили друг друга, практикуя Капоэйру, что было абсолютно невыгодно с экономической точки зрения. Хотя хозяева и надсмотрщики были, возможно, не так сознательны, как Король и его придворные умы, касательно всех этих мотивов, они интуитивно ощущали, что «что-то здесь не так».
Стоить отметить, что существует множество теорий пытающихся объяснить корни Капоэйры. Согласно одной, очень распространенной, Капоэйра была борьбой, замаскированной под танец так, чтобы ее могли практиковать без ведома белых рабовладельцев. Многим это кажется маловероятным, так как в 1814-м, когда любые проявления африканской культуры начала всячески подавляться, другие формы танцев подверглись запрету наравне с Капоэйрой, так что совершенно не было необходимости замаскировывать ее под танец.
Другая, утверждает, что у мукупи, народности юга Анголы был ритуал инициации, который назывался эфендула (efundula), чевствующий девушек, которые стали женщинами, в честь чего молодые воины, в свою очередь, устраивали Н”голо (N”golo), или «танец зебр» — боевой танец-поединок. Согласно этой теории, Н”голо это и была Капоэйра. Эта теория был выдвинута писателем Камара Каскудо (Camara Cascudo), но годом позже историк Вальделоир Рего (Waldeloir Rego), возразил, что эта «странная теория» должна оцениваться критично до тех пор, пока не будет представлено весомых доказательств, чего собственно пока не произошло. Если Н”голо действительно существовал, можно считать, что он был одним из тех немногих танцев, что вошли в фундамент основ Капоэйры.
Другие теории, титул основателя Капоэйры, приписывают Зумби, легендарному лидеру Киломбо дос Палмарес, естественно абсолютно без каких-либо оснований.
Однако, как бы то ни было, все эти теории невероятно важны для понимания мифа, который окружает Капоэйру, но не может быть полностью принят как исторический факт, согласно имеющимся данным и информации. Возможно, в будущем, вследствие дальнейших исследований, теория о том, что Капоэйра возникла как смесь разнообразных африканских танцев и единоборств на территории Бразилии главным образом в 19-м веке, также покажется недостоверной.
С подписанием Золотого Закона, который отменил рабство, в 1888-м году, рабы, вновь обретшие свободу, не могли найти себе места в текущей социально-экономической ситуации. Капоэйрист (человек, практикующий Капоэйру), обладая умением драться, самоуверенностью и индивидуальностью быстро пал до криминала, и Капоэйра вместе с ним. В Рио де Жанейро (Rio de Janeiro), где Капоэйра развивалась исключительно как форма единоборства, стали появляться криминальные группировки, терроризирующие местное население. Вскоре, во время перехода статуса Бразилии от Империи к Республике в 1890-м, монархисты и республиканцы стали использовать эти банды, чтобы оказывать давление и срывать съезды своих соперников. Дабы усилить ущерб, приносимый различными движениями Капоэйры, в те времена широко применялись всевозможные оружия, в основном это были дубины, кинжалы и перочинные ножи.