Столкнувшись с «настоящим» Пейном, Наруто не мог не вспомнить своих наставников Джирайю и Какаши. Встреча с человеком, ответственным за их смерть, привела его в ярость, в его глазах читалась ненависть. Нагато видел желание Наруто отомстить. Наруто же вспомнил слова своего отца, а также слова Джирайи. Его разум был в смятении. Он вел внутреннюю борьбу, сдерживая свою злобу и желание отомстить. Он не хотел опускаться до того, чтобы вносить свой вклад в бесконечный круг ненависти, – Наруто понимал, что убийство Нагато ничего не решит, хотя во время боя и утверждал, что его смерть принесет мир. Однако, убив его, Наруто действовал бы лишь во имя собственной веры в справедливость; его стремление к миру было лишь предлогом для удовлетворения своей мести. Нагато заставил его понять это. Почему Наруто настаивал на встрече с Нагато лицом к лицу? Он хотел понять, что тот будет чувствовать. И, встретившись с ним наедине, он почувствовал жажду убийства, жажду справедливости. Благодаря Нагато он открыл для себя горе, ненависть и желание отомстить, новые страдания. Но, вспомнив философию Джирайи, Наруто отказался от своих слов. Он сказал Нагато, что понял смысл слов их учителя благодаря этим страданиям.
Когда Наруто узнал, что у Нагато был тот же учитель, что и у него, его разум пришел в смятение. Он не мог не задаваться вопросом: как это могло произойти? Наруто видел, что Нагато убивал не ради удовольствия, как некоторые ненормальные члены Акацуки. За всем этим хаосом стояла какая-то история. Чтобы знать, что делать, чтобы понять мотивацию его действий, Наруто хотел узнать больше. Он сказал Нагато, что даст свой ответ о мире и ненависти после того, как выслушает его историю. Нагато же очень хотел услышать ответ Наруто и поэтому согласился рассказать о своих страданиях. С самого начала он был открыт для дискуссии – на данный момент их разделяли только трагические события, которые они пережили: Нагато потерял своих родителей, убитых ниндзя Конохи; Наруто потерял своего учителя и товарищей, убитых мстящим Нагато. Но в то же время их объединяло то, что у них был один и тот же наставник и он привил им одни и те же ценности. Нагато рассказал историю своей жизни в мельчайших подробностях, в том числе он поведал о двух больших горестях: потере родителей, которые погибли в войне, развязанной Конохой, и потере Яхико.
Его родители были убиты случайно: ниндзя Конохи совершили ошибку, думая, что имеют дело с другими ниндзя. Самым трагичным аспектом этого события было то, что Нагато и его родители собирались бежать. Ниндзя Конохи были заняты кражей еды, но как раз в тот момент, когда они собирались войти в дверь, Нагато уронил вазу. Этот звук насторожил воров, и, подумав, что перед ними ниндзя, они убили родителей мальчика. Нагато столкнулся с горем, но также и с мучительным чувством вины: если бы он не опрокинул вазу, возможно, им удалось бы спастись. Теперь же ему пришлось жить с этим чувством. Эта трагедия нанесла ему рану, которая никогда не затягивалась; боль, которую он испытывал, переросла в ненависть. Затем наступили тяжелые дни, когда на смену этим чувствам пришел голод. Опечаленный, Наруто просто слушал, опустив взгляд.
После этого Нагато рассказал о встрече с Конан и Яхико, другими сиротами войны. Он больше не был одинок и последовал за мечтами Яхико, вплоть до того дня, когда троица встретила Джирайю, Орочимару и Цунаде. Яхико хотел, чтобы его обучили искусству ниндзя, чтобы он больше не был бессилен, но Нагато было трудно общаться с ниндзя из Конохи. Однако вскоре он понял, что Джирайя был другим. Нагато объяснил Наруто, что после первого убийства, совершенного ради спасения Яхико, его мучило чувство вины. Его сила пугала его, но он не хотел больше терять своих близких. Джирайя своей мудростью избавил его от мучений, и Нагато понял, что познание страданий помогает ему расти, что накопленный опыт позволил ему самостоятельно принимать решения – ведь опыт помогает быть справедливым и дальновидным. Столкнувшись с болью и страданиями, Нагато нашел ответ: он хотел защитить двух своих друзей любой ценой. Когда Джирайя обнаружил подопечных Нагато, он решил научить их искусству ниндзя. По легенде, отшельник Рикудо был спасителем мира, а изначально ниндзюцу было философией, направленной на установление мира без использования насилия. У Нагато были такие же глаза, как у отшельника Рикудо. Это была одна из причин, по которой Джирайя доверил ему свое стремление к миру и доверился ему сам.