Фрунзе противостояла Оренбургская армия белых под командованием генерал-лейтенанта Александра Ильича Дутова. Полковник царской армии, он в 1917 году был избран атаманом Оренбургского казачества и членом Учредительного собрания. В лагере белых его считали человеком посредственных способностей, но Колчак одарил Дутова генеральскими погонами. Александр Ильич предпочитал называть себя «походным атаманом всех казачьих войск».
В январе 1919 года Фрунзе вступил в командование армией. Через месяц с небольшим ему подчинили еще одну, Туркестанскую, армию, которой в реальности не существовало. Ему предстояло сформировать это соединение на базе вырвавшейся из окружения 31-й стрелковой дивизии и 3-й кавалерийской, а штаб разместить в Оренбурге. 5 мая командующий Восточным фронтом приказал: «Тов. Фрунзе теперь же приступить к развертыванию армии и представить свои соображения по выполнению операции».
Но все планы фронта были отменены, потому что началось внезапное (для командования Красной армии) наступление Колчака. Фрунзе получил приказ фронта: «Задача Туркестанской армии временно отложена».
Войска Фрунзе должны были противостоять Западной армии колчаковских войск, которой командовал его тезка — генерал-лейтенант Михаил Васильевич Ханжин. Его последняя должность в царской армии — генерал-инспектор артиллерии при Верховном главнокомандующем. После революции он перебрался в Сибирь и принял на себя командование армией. 6 марта 1919 года он начал наступление на Уфу, Самару и Казань. Красные отступали. Уфу и Белебей Ханжин взял. Немного не дошел до Волги. Довольный Колчак произвел его в генералы от артиллерии.
Противостоявшая ему Красная армия находилась в бедственном положении. Мобилизованные крестьяне воевать не желали. В середине марта 1919 года Фрунзе доложил Троцкому о положении на фронте: «По последним полученным мною донесениям от лиц, заслуживающих полного доверия, 5-я армия почти утратила боеспособность. Полки ее откатываются назад при первом натиске противника и сразу очищают большие пространства.
В ближайшем тылу армии — в губерниях Самарской, Симбирской, Уральской и Оренбургской — полное неблагополучие, тыл шатается. 8 марта вспыхнуло крестьянское восстание. Взбунтовался 175-й полк; разбив артиллерийские склады и разобрав бывшие там берданки, он пытался поднять другие части. Восстание носило массовый и организованный характер. Целью его ставилось овладение городами Самарой, Сызранью, Ставрополем (на Волге). Руководители движения имели связь с колчаковцами, и ими восстание, несомненно, приурочено к моменту решительного удара, подготовленного и нанесенного Колчаком в районе Уфа — Бирск. Восстание шло под лозунгами: «Да здравствует Советская власть на платформе Октябрьской революции! Долой коммунистов и коммуну!» В городах, волостях и селах были сформированы волостные военно-революционные штабы. Движение выросло на почве недовольства экономическими тяготами и мероприятиями».
Фрунзе рапортовал о предельно жестоком подавлении крестьянских восстаний карательными отрядами: «Расстреляно свыше шестисот главарей и кулаков. Село Усинское, в котором восставшими был истреблен целиком наш отряд, сожжено совершенно. Сейчас всё спокойно, но, конечно, лишь наружно, то есть ближайший тыл армии неустойчив».
Михаил Васильевич просил подчинить ему эти губернии не только в военном, но и в общегражданском порядке. И прислать достаточное количество опытных работников, которые бы взяли на себя управление этим краем. Членом Реввоенсовета своей армии попросил назначить Исидора Любимова, который заменил Фрунзе на посту председателя губисполкома в Иваново-Вознесенске.
Колчаковское наступление приобрело опасный характер. Белым оставалось до Волги не больше 100 километров. Если бы войска Колчака дошли до Волги, они смогли бы соединиться с армией Деникина. В штабе Фрунзе созрела идея контрудара. Его 4-я армия прочно удерживала позиции. Поскольку соседи отошли, 4-я армия теперь занимала выступ, глубоко вклинившийся в расположение противника.
Седьмого апреля 1919 года Фрунзе предложил командованию Восточного фронта сформировать в районе Бузулука ударную группу. Предложение было принято. 10 апреля ком-фронта оперативно подчинил Фрунзе еще две армии — в том числе 5-ю будущего маршала Михаила Николаевича Тухачевского.
В тот же день Михаил Васильевич приказал: «Требую от всех проникнуться сознанием крайней необходимости положить предел дальнейшему развитию успехов противника, дабы при содействии ожидаемых из областей подкреплений перейти к контрудару и нанести врагу решительное поражение».
Но получить подкрепления было не простым делом. Он обратился к недавним коллегам — военным комиссарам Ярославского и Иваново-Вознесенского округов с отчаянной просьбой: «Высылайте возможное количество пополнений, хотя бы без вооружения и снаряжения. Положение исключительно острое». Информировал: «Приказ о мобилизации пятидесяти процентов рабочих санкционирован Реввоенсоветом Республики».