Но Вацетиса не любили в ВЧК, что погубило его военную карьеру. Он держался независимо и не скрывал своих взглядов. 18 апреля 1919 года главком в подробном докладе Ленину вступился за высокообразованных офицеров, которые тащили на себе всю штабную работу, трудились «в высшей степени добросовестно, честно и с гораздо большей затратой энергии, чем это делалось и требовалось условиями службы старой императорской армии». Вацетис писал об оскорбительном недоверии к бывшим офицерам, которые по своей воле пошли служить советской власти, жаловался на несправедливое отношение к ним со стороны комиссаров и чекистов.
В ответ Особый отдел ВЧК арестовал бывшего офицера, состоявшего при Вацетисе, и сообщил Дзержинскому, что в Полевом штабе Реввоенсовета созрел белогвардейский заговор. Феликс Эдмундович доложил Ленину, тот подписал приказ об освобождении Вацетиса от должности главкома.
Полевой штаб РВС существовал с 22 октября 1918 года и руководил всеми боевыми операциями. Вместе с Вацетисом был арестован начальник штаба Федор Васильевич Костяев и еще несколько ключевых штабистов. Эти аресты были проведены летом 1919 года, когда положение на фронтах было отчаянное.
Обвинения против Вацетиса, как и следовало ожидать, оказались липовыми. Освободили и остальных офицеров, дела прекратили за отсутствием состава преступления. Но на свой пост Вацетис уже не вернулся.
Главкомом стал Сергей Сергеевич Каменев, еще один выпускник Академии Генерального штаба. 1 апреля 1918 года он вступил в Красную армию, в сентябре 1918 года сменил Вацетиса на посту командующего Восточным фронтом и сражался против войск адмирала Колчака. Начальником штаба фронта был Павел Павлович Лебедев, бывший генерал-майор. Последняя должность в старой армии — генерал-квартирмейстер (начальник Оперативного управления) в штабе Западного фронта.
Весной 1919 года Каменев вступил в конфликт с Реввоенсоветом Республики, отказавшись исполнить приказ Троцкого прекратить наступление на Восточном фронте, чтобы можно было перебросить силы на Южный фронт против Деникина. За невыполнение приказа Троцкий отстранил его от должности, но в самой вежливой форме: «Напряженная и непрерывная работа командующего Восточным фронтом вызвала потребность во временном отдыхе. Увольняя Каменева в шестинедельный отпуск и выражая ему благодарность от имени Красной Армии, твердо надеюсь, что войска Восточного фронта под руководством нового командующего, А. А. Самойло, разовьют уже полученные успехи и дадут Советской Республике полную победу над Колчаком».
Каменеву было вдвойне обидно: его не только сняли с должности, но и заменили бывшим генерал-лейтенантом Александром Александровичем Самойло, с которым он находился в неприязненных отношениях еще с царских времен.
Самойло командовал 6-й армией, которая сражалась на севере страны. Его вызвал к прямому проводу бывший сослуживец по Генеральному штабу Федор Васильевич Костяев, начальник Полевого штаба Красной армии, и от имени главкома предложил принять должность командующего армиями Восточного фронта. За ним прислали салон-вагон, на котором он прибыл в Симбирск.
Появлению Самойло в штабе фронта не обрадовались. Дело в том, что снятый с должности Каменев из Симбирска не уехал. Он жил на одной квартире вместе с влиятельным членом Военного совета фронта Сергеем Ивановичем Гусевым. «И через него, — вспоминал Самойло, — пытался влиять на все проводимые мной решения. Неоднократно бывало, что Гусев, соглашаясь со мной по какому-либо вопросу утром, во вторую половину дня, вернувшись с обеда и переговорив, очевидно, с Каменевым, отказывался от своего прежнего мнения».
Действиями Самойло был недоволен и подчинявшийся ему командующий Южной группой войск Восточного фронта Фрунзе. Самойло изменил план боевых действий и собирался расформировать группу Фрунзе, чтобы основной удар нанести на другом участке фронта. Обиженный Михаил Васильевич по прямому проводу сообщил Самойло о своем несогласии: «Должен откровенно сознаться, что директивой я сбит с толку и поставлен в самое неопределенное положение… Я глубоко не согласен и с основной идеей нанесения удара на север от Бугульмы… Свое теперешнее положение считаю ложным и вредным для дела…»
Сергей Гусев и другие члены Реввоенсовета фронта жаловались на Самойло Ленину и просили вернуть на пост главкома Каменева.
Троцкий, желая в тот момент сосредоточить все силы против самого опасного врага — Деникина, стратегически оказался прав. Но опытный Сергей Каменев тоже был нужен Красной армии, и его восстановили в должности. Он вспоминал: «Склянский сообщил, что мне приказано… вновь принять командование Восточным фронтом. Такого оборота дела я никак не ожидал».
Эфраим Маркович Склянский, заместитель наркома по военным и морским делам и заместитель председателя Реввоенсовета, был человеком номер два в военном ведомстве Советской России. Большинство документов издавалось за его подписью.