За все время руководства Владимиром Крючковым ПГУ было осуществлено лишь одно похищение, приведшее к смертельному исходу. В декабре 1975 года в Вене был захвачен Николай Артамонов, капитан эсминца Балтийского флота, в 1959 году бежавший в Швецию и передавшийся американцам. Похищали его не с целью привести в исполнение смертный приговор, вынесенный 16 лет назад, по свежим следам после побега, — это было бы слишком затратно. Перебежчик был нужен для допроса как носитель важной информации, поскольку его задействовала в своих играх американская разведка. Руководил операцией начальник отдела контрразведки ПГУ Олег Калугин. Артамонова удалось похитить, но от дозы усыпляющего средства и условий транспортировки у него отказало сердце, и он скончался прямо на границе. Операция, таким образом, была сорвана. Более того, неудача опять нанесла удар по имиджу СССР, представив его похитителем людей. Однако Крючков прикрыл своего незадачливого подчиненного, и Калугин отделался легким испугом, хотя с того времени начальник ПГУ стал относиться к нему подозрительно.
Контрразведка занимала особое место в работе разведывательного управления, поскольку последняя тесно связана с секретностью и обеспечением безопасности, на что Крючков всегда обращал особое внимание. Резидент ПГУ в Нью-Йорке Юрий Иванович Дроздов вспоминал об установочной беседе с Крючковым: «Как всегда, был краток, рекомендовал попытаться внести в работу свой наступательный метод, не похожий на то, к чему уже привыкли американские спецслужбы. Сотрудники резидентуры должны почувствовать, что приехал свежий человек. Нужно снять с коллектива напряжение ожидания нового руководителя, расположить его к себе и добиться откровенности. При этом — никаких любимчиков, на сильных, средних и слабых не делить. Беречь и укреплять положительные традиции резидентуры и авторитет моих предшественников, которые сделали много полезного за годы своей деятельности в Америке. Главное — организация активной оперативной работы. Начальник разведки подчеркнул особую важность конспирации, тщательного изучения всех американских объектов, призывал, учитывая активность американских спецслужб, быть недоверчивым, сомневающимся в оценке „чистоты“ контактов и связей».
История советской разведки 1970–1980-х годов — это и история перебежчиков, которые оставались на «той» стороне, унося с собой порой секреты огромной важности, включая информацию о завербованных зарубежными спецслужбами шпионов. Первый же год работы Крючкова в ПГУ запомнился побегом Олега Лялина, сотрудника резидентуры в Лондоне. Как следствие, Британия выслала в 1971 году 105 наших дипломатов, чем нанесла огромный ущерб деятельности ПГУ в стране. Владимир Пигузов, секретарь парткома Краснознаменного института КГБ СССР имени Ю. В. Андропова, передавал на протяжении долгого времени списки обучавшихся, нейтрализуя тем самым усилия советской разведки. Герой Советского Союза Алексей Кулак сотрудничал с ФБР и ЦРУ. Полковник Владимир Ветров из научно-технической разведки до своего ареста в 1982 году успел передать французской контрразведке
Немалое количество предателей (а они имелись и в других структурах — в ГРУ, например, генерал Дмитрий Поляков — самый высокопоставленный шпион за все время существования СССР; к американцам ушел Аркадий Шевченко — заместитель Генерального секретаря ООН, до того — помощник министра иностранных дел Андрея Громыко) заставляли Владимира Крючкова с большим недоверием относиться к людям — профессиональная болезнь любого руководителя спецслужб.
Но едва ли не важнейшей задачей Владимира Крючкова после 1978 года был Афганистан. С ноября того года он, кстати, прибавил к своей должности — начальник Первого главного управления — приставку «заместитель председателя КГБ», свидетельство доверия и поощрения со стороны Юрия Андропова и лично Леонида Брежнева. В апреле 1978 года неожиданно для СССР, и в том числе для его спецслужбы, в Афганистане произошла революция.