Летом 1890 года Обручев изменил свой взгляд на возможность союза с Францией. Определенные изменения в конце восьмидесятых – начале девяностых годов произошли и в служебном положении Обручева. Великий труженик, он работал день и ночь, успевая заниматься не только казармами, шоссе, крепостями, резервом, совещаниями командующих округами, маневрами, но и искусством. Николай Николаевич очень любил зодчество, ваяние, живопись. Из современных художников он особенно выделял Поленова, картина которого «Грешница» ему нравилась больше всего1480
. В 1887 году Обручев был произведен в генералы от инфантерии, а в 1888 году избран почетным членом Императорской Академии наук. Под его личным надзором с мая 1889-го по февраль 1890 года реставрировалось и украшалось здание Главного штаба на Дворцовой площади. Начались работы в церкви Св. Георгия Победоносца, расположенной в этом здании. Парусный свод, заменявший купол церкви, изображал небо со звездами из граненого хрусталя, небо над станцией Борки на 12 часов 14 минут 17 октября 1888 года, то есть на момент крушения императорского поезда1481. Южную стену храма украшала фреска академика И. К. Макарова «Проповедующий Христос», причем лица из народа изображали членов императорской фамилии. На противоположной стороне стену украшали два ряда белых мраморных досок с черной каймой. На них были выбиты имена офицеров Генерального штаба и корпуса военных топографов, убитых и раненых в войнах, которые вела Россия1482. Парадная лестница Главного штаба также была перестроена по проекту Обручева.Ее украшали колонны розового итальянского мрамора и статуя Петра Великого работы М. М. Антокольского (авторская копия петергофского оригинала), выбранная лично Обручевым. Под статуей были выбиты слова Полтавского приказа первого русского императора, который когда-то так вдохновлял молодого измайловского офицера: «А о Петре ведайте, что жизнь ему не дорога, жила бы только Россия в славе и благоденствии». На балюстраде лестницы напротив Петра I располагались четыре бюста русских фельдмаршалов – Шереметьева, Меньшикова, Румянцева и Потемкина. По двум сторонам входной двери в особых нишах располагались бронзовые статуи Суворова и Кутузова работы академика И. Н. Шредерона, выполнявшего их также по личному заказу Обручева, причем Николай Николаевич лично ездил в мастерскую и даже руководил работами по созданию скульптур. Под статуей Суворова была сделана надпись «Измаил у ног Вашего Величества», а под статуей Кутузова – «Теперь ни шагу назад».
Ротонда среднего этажа Главного штаба перед входом в церковь была превращена в Георгиевский зал, стены которого украшали белые мраморные доски с именами офицеров-колонновожатых, свиты Его Величества по квартирмейстерской части и Генерального штаба, награжденных орденом Св. Георгия1483
.С 1891 года начинается последний период активной политической деятельности Обручева и, может быть, период наибольшего его влияния не только на военную, но и на внешнюю политику России. Два наиболее важных события этого времени – заключение русско-французского союза и военной конвенции и проект захвата Босфора – были тесно связаны с деятельностью Николая Николаевича (интересный факт: П. С. Ванновский узнал о русско-французском соглашении только через год, при составлении конвенции1484
).В начале 1891 года в русском МИДе еще были живы надежды на то, что Тройственный союз не будет возобновлен. Гирс и Ламздорф критически восприняли предложения посла России в Константинополе А. И. Нелидова о немедленном заключении соглашения с Францией, включающего договоренность о совместных действиях на Ближнем Востоке и даже создания с помощью французов русской военно-морской станции в Средиземном море1485
. Но вскоре стали приходить сообщения о досрочном продлении германо-австро-итальянского союза1486.