К концу второго года борьбы за королевский престол Франции оба вождя противоборствующих сторон, Генрих IV и герцог Майенн, оказались в затруднительном положении, столкнувшись с проявлениями недовольства в собственных рядах. Генрих с лихвой давал повод для возмущения среди своих сторонников. Мало того что собственным распутством он постоянно раздражал одних и провоцировал других, так еще и не было выполнено ни одно из обещаний, данных им у гроба Генриха III: не созваны ни церковный собор для улаживания конфессиональных разногласий, ни Генеральные штаты, а сам он до сих пор не удосужился выслушать наставления в католической вере, которые он выторговал для себя в качестве предварительного условия для обращения в католичество. Король и сам сознавал тогда необходимость отречения от протестантизма, но, дабы не терять собственного достоинства, благоразумно предпочитал добиться признания прежде отречения: поставить повиновение подданных в зависимость от перехода в католичество означало поставить право выше принципа наследственной монархии. Источником постоянного раздражения для католиков служило и то, что король собирался предоставить гугенотам невиданные до сих пор привилегии.
В свой актив Генрих мог записать то, что экстремизм римского понтифика раздражал приверженцев галликанской традиции, ревниво отстаивавших свое автономное по отношению к Риму положение, и король мог играть на этом. В последние дни своей жизни Сикст V, видимо, лучше информированный о положении дел во Франции, проявлял меньше энтузиазма в отношении Лиги и радушно принял представителя лояльных королю католиков, герцога Монморанси-Пине. Он отказался отлучать от церкви венецианцев за то, что они признали Генриха IV. Однако на следующий же день после этого, 27 августа 1590 года, папа скоропостижно скончался. Заговорили о неестественной причине его смерти — слишком уж она была выгодна испанцам. Его преемник Урбан VII умер сразу же после обретения тиары. Григорий XIV, избранный 5 декабря 1590 года, проявлял благосклонность к Лиге и политике, поддерживаемой Филиппом И. Весной 1591 года он запретил духовенству и дворянам Франции поддерживать отношения с Генрихом IV. Устами своего нунция он провозгласил короля отрешенным от власти, и все, кто продолжал сохранять верность государю-еретику, отлучались от церкви. В ответ на это Генрих по совету президента Парижского парламента пригрозил папе, что французская церковь порвет с Римом, избрав собственного главу. Парламент в Туре смело объявил не имеющими силы папские постановления. Часть французского духовенства заявила тогда о своей поддержке короля и на собрании в Шартре проинформировала папу об этой своей позиции, уточнив, что речь идет не о схизме, а о нормальной политической ситуации, когда «французские католики остаются верными королю». Поскольку это волеизъявление не убедило весь французский народ, папа продолжил свою политику и собрал двенадцатитысячную армию в помощь католическим государям, осуществлявшим вторжение во Францию.
На это король ответил незамедлительно, издав 14 июля 1591 года в Манте эдикт, коим подтвердил свое обещание от 4 августа 1589 года уважать и поддерживать католическую религию и вверить свою судьбу решению Собора. Во имя вольностей галликанской церкви он возвысил свой голос против вмешательства папского нунция во внутренние дела Франции. Дабы заявить о своих королевских правах и продемонстрировать собственную беспристрастную справедливость, он, уступив настоятельным просьбам Дюплесси-Морне, предоставил протестантам те же гарантии, какие были даны католикам Мантским эдиктом, подтвердив эдикт о веротерпимости, изданный Генрихом III в 1576 году в Пуатье. Парламент в Туре зарегистрировал эти королевские постановления.
Оставался нерешенным вопрос о религиозной принадлежности Генриха IV, который продолжал тянуть с окончательным ответом на него, вынуждая теряться в догадках как своих сторонников, так и противников. Если одни утешали себя мыслью, что король ждет наиболее благоприятного момента для обращения в католичество, то другие опасались, как бы он вообще не отказался от этого. Занятая Генрихом выжидательная позиция отражала как его нелюбовь к принятию радикальных решений, привычку полагаться на счастливый случай, так и желание опираться на поддержку одновременно католиков и протестантов, как можно дольше сохраняя это двусмысленное положение. Помимо его религиозного индифферентизма, граничившего с фатализмом, в этом был и политический расчет: если до сих пор ему удавалось простыми обещаниями удерживать при себе и часть католиков, и протестантов, то почему бы и дальше не продолжить это лавирование? Если бы удалось на условиях этого статус-кво войти в Париж и украсить свое чело королевской короной, то вопроса об очередной смене религии можно было бы вообще больше не касаться.