В августе 1524 г. он покинул Альштадт и осенью был уже во Франконии, в районе повстанческого движения. В это время из-под его пера (или из-под пера кого-то из его сподвижников) вышло так называемое «Статейное письмо». В нем объявлялась анафема феодально-княжеской власти, а конфискация помещичьего имущества трактовалась как реализация права угнетенного народа; автор «Письма» требовал, чтобы любые переговоры с господами шли под неослабевающим крестьянским давлением.
«Статейное письмо» оказало заметное воздействие на тактику наиболее революционных повстанческих отрядов Франконии, но широкого признания в крестьянской массе не получило. В письмах Мюнцера, относящихся к началу 1525 г., все чаще звучит горькое сожаление по поводу забитости и невежества простых людей, которые не желают понять своих собственных интересов, или, как он выражается, «внушений сердца, несомненно, исполненного святого духа».
Во время своего пребывания в Тюрингии Мюнцер интересовался повседневными заботами крестьян — позднее они вспоминали о нем как об «отце Томасе, верном советчике бедных». Лютер разговаривал с тюрингенскими крестьянами как пастор-резонер; он был раздражен их «несговорчивостью и самодовольством». Раздражение это еще более усилилось в Эйслебене, куда он прибыл после своей неудавшейся проповеднической поездки и прощания с курфюрстом Фридрихом, умиравшим в Веймаре. Некто Рюель, советник графа Альбрехта Мансфельдского и свояк Лютера, ознакомил его с сообщениями, поступавшими из Верхней Германии. Составленные верноподданными осведомителями графа, сообщения эти рисовали мрачную картину «крестьянских бесчинств и оргий». Лютер, поверивший им, быстро написал памфлет, где крестьянскому восстанию объявлялась анафема.
Новый памфлет назывался «Против разбойничьих и грабительских шаек крестьян». Реформатор объявил крестьян трижды виновными: во-первых, в нарушении клятвы верности и преданности, некогда данной светским господам; во-вторых, в совершении преступлений — кровопролитных и грабительских действий; в-третьих, — в том, что эти тягчайшие грехи они пытаются прикрыть словами Священного Писания. Эта троякая вина делает восставших достойными смерти; дьявол вселился в крестьян, и обходиться с ними следует как со стаей бесов: «Каждый, кто может, должен рубить их, душить и колоть, тайно и явно, так же, как убивают бешеную собаку».
Ненависть к восставшему народу вспыхнула в Лютере оттого, что он видел перед собой только одну задачу — борьбу с папством. Отвращение к Риму суживало его политическое мышление и мешало трезво смотреть на события. В мае 1525 г. реформатор все еще мечтал об антиримском единстве немецких сословий и считал его принципиально возможным. До конца дней Лютер был искренне убежден в том, что Реформация одержала бы полную победу над папством, если бы все дело не испортил Мюнцер с его восстанием.
За свой памфлет Лютер заплатил утратой национального авторитета. Тем более отталкивающее впечатление произвело его третье антикрестьянское сочинение — «Послание о жестокой книжице против крестьян», написанное в июле 1525 г., в период, когда начались казни восставших. Это была попытка самооправдания; «Послание…» явно свидетельствовало о больной совести Лютера и вместе с тем о стремлении снять с себя вину. Реформатор видел себя виновным в крови казненных повстанцев, но объявлял, что действовал по жестокому божественному внушению. «Послание…» знаменовало резкий перелом в самом темпераменте религиозного бюргерского идеолога. С лета 1525 г. Лютер делается мнительным, населяет мир враждебными демоническими силами, опасается заговоров и интриг, торопится первым нанести удар тем, кого подозревает. Началась тяжелая депрессия, которая продлится целых два года.
Расширение территории Крестьянской войны было блокировано войсками Швабского союза. Этот созданный еще в кон. XV в. союз городов совершил во время Крестьянской войны свою последнюю крупную политическую акцию. Войско союза повело против крестьян жестокую войну и в большинстве областей к началу лета 1525 г. разгромило их. Жертвы были огромны. Если взять только район Верхнего Рейна, то в битве при Леннхайме погибло свыше тысячи повстанцев, под Бёблингеном — две тысячи, столько же — под Кёнигсхофеном, около пятисот пало в районе Гризена. В мае 1525 г. Крестьянская война вступила в свою трагическую фазу. Особенно мрачными были события в Тюрингии.