Специально для борьбы с еретиками, к которым причислялись и протестанты, в 1534 г. в Париже было создано «Общество Иисуса» (лат. «Societas Jesu»), члены которого получили название иезуитов — полумонашеский-полувоенный орден, ставший самым активным проводником Контрреформации. Его первым «генералом» стал его основатель, испанский дворянин Игнатий Лойола (1491? — 1556). Идеолог Контрреформации, Игнатий Лойола создал учение, которое должно было, по его мнению, стать духовным средством для подавления всех аффектов, мешающих направить силы верующего на благо церкви. Католицизм и мистика были соединены в этом учении в единое целое, а само оно стало основой системы иезуитского воспитания. Орден формировал тип людей, который мог противостоять особой боевитости кальвинизма и обещал большие успехи в возвращении утраченных папством территорий. Иезуиты не были обязаны замыкаться в тесных стенах монастырей и носить рясу. Они могли одеваться в любую светскую одежду, принимать любые обличил и действовать согласно своему девизу «цель оправдывает средства». Глава ордена — генерал — обладал неограниченными полномочиями, а члены ордена были обязаны беспрекословно повиноваться старшему по чину, на которого следовало смотреть как на самого Христа. Лойола учил: «Входите в мир кроткими овцами, действуйте там, как свирепые волки, и, когда вас будут гнать, как собак, умейте подползать, как змеи». Папа Павел III в 1540 г. буллой «Regiminis militantis eccelesiae» утвердил иезуитский орден с перечнем его первых десяти членов-основателей, хотя ряд кардиналов возражали, ссылаясь на то, что орденов имеется уже достаточно, а устройство новых запрещено курией. Через три года было снято ограничение с численности ордена в 60 чел., а затем он получил от папы и ряд новых привилегий.
Иезуиты восстанавливали католицизм как методами убеждения, так и кровавым насилием. В нач. XVII в., когда Контрреформация достигла своего апогея, иезуиты на ре катализированных территориях приступили к самым беспощадным антипротестантским мерам в области культуры. Из университетов и школ Австрии, Баварии, Богемии и других стран были изгнаны протестантские преподаватели и студенты. В широких масштабах проводились конфискация и сожжение еретической литературы, свирепствовала цензура. По отношению к папе иезуиты долгое время занимали независимую позицию сознающей свою силу армии, в которой нуждаются и которую побаиваются. Формально они подчинялись папе, но фактически жестко проводили собственную политику — политику ордена и тех правителей, во владениях которых они действовали. Во 2-й пол. XVIII в. орден был запрещен во Франции и ряде других стран, после чего он был распущен папой. Но в 1814 г. орден иезуитов был восстановлен и существует и поныне.
Для поддержания пошатнувшегося авторитета римско-католической церкви папа Павел III решил созвать Вселенский собор. Время для этого назрело. В Германии усилилось протестантское движение, и император Карл V для борьбы с ним был крайне заинтересован в поддержке папства. Французский король Франциск I также обязался оказать императору помощь и принять участие в соборе. Кроме того, на восточной границе империи появились турки, борьба с которыми требовала людей и денег. Папа предложил для борьбы с протестантами «за чистоту католической религии» 200 тыс. дукатов и 12 500 человек отборного войска. Одновременно он, опираясь на орден иезуитов и новый инквизиционный трибунал, начал наступательную политику в Италии, чтобы усилить могущество Папской области.