Впоследствии он попал в Марсель, в иешиву раввина Иосефа Кардо, который был из семьи марранов,
[78] вернувшихся в еврейство в начале восемнадцатого века. Шабтай Хананья был на очень хорошем счету и после смерти раввина Кардо даже стал главой этой иешивы. Справляться с обязанностями ему мешали разве что только долгие отлучки — он очень любил посещать еврейские общины в разных странах. Хадайя пользовался большим уважением французских раввинов и в 1806 году был приглашен в Париж во дворец Тюильри к Наполеону на знаменитое собрание еврейских нотаблей для обсуждения гражданского и правового статуса евреев Франции после революции. Участие в этой дискуссии, а затем в 1807 году в создании так называемого Великого Синедриона[79] удручающе подействовало на раввина Хадайю. В отличие от многих других участников, которые, во-первых, наслаждались оказанным им почетом, а во-вторых, верили, что положение евреев теперь улучшится, он погрузился от всего этого в некую странную меланхолию и уже в 1808 году решил покинуть иешиву в Марселе, распрощался с учениками и направился на юго-восток. Он побывал на Сардинии, пожил на юге Италии, надолго задержался в Венеции. Из Италии перекочевал в Грецию, переезжал с острова на остров, добрался до Крита, оттуда вернулся в Афины и снова двинулся на восток по побережью Македонии в сторону Стамбула. По пути он останавливался в иешивах, читал проповеди и помогал решать особо сложные дела в раввинском суде. Хотя, конечно, он, как все мудрецы, помногу сидел над святыми книгами, но само учение не казалось ему самоцелью, и он уделял немало времени практической деятельности в качестве председателя суда.