Довольно скоро рейхсфюрер СС решил прибрать NPEA к рукам, но в данном случае не стал предпринимать рейдерский захват, а избрал несколько более длительный, постепенный процесс. Сначала он предложил взять на себя снабжение школ одеждой и оборудованием, затем пообещал учредить дополнительные стипендии и помочь с финансированием. Вскоре Гиммлер добился, чтобы весь личный состав NPEA – воспитатели, преподаватели, администрация – вступил в СС. Руководить этим процессом Гиммлер поручил начальнику своего Главного управления СС Августу Хейссмейеру. Большую роль здесь сыграло и то, что в 1928–1930 гг. Хейссмейер был заместителем гаулейтера Южного Ганновера – Брауншвейга, которым в те годы являлся Бернгард Руст. Теперь же Руст, с которым Хейссмейер сохранил хорошие отношения, занимал пост имперского министра науки, образования и культуры и, таким образом, именно ему формально подчинялись NPEA. Подобные личные связи всегда имели в Третьем рейхе чрезвычайно большое значение и сильно облегчили Хейссмейру выполнение задания рейхсфюрера СС. А тут еще в июне 1934 г. были разгромлены СА и расстрелян всесильных руководитель штурмовиков Эрнст Рём, притом что именно он был покровителем Хаупта, позиции которого стали крайне шаткими. Теперь Гиммлеру и Хейссмейеру ничего не мешало форсировать события и нанести последний удар по независимости NPEA. В октябре 1935 г. Иоахим Хаупт был арестован гестапо, после чего Гиммлер проинформировал Руста, что человек, которому поручено растить нацистскую смену, подозревается в гомосексуализме. В ноябре 1935 г. Руст официально освободил Хаупта от обязанностей руководителя NPEA и выгнал его из министерства[176].
В целом в 1936 г. процесс передачи NPEA под контроль СС завершился (хотя формально они до 1945 г. оставались в подчинении министерства и финансировались за счет государства). Сам же Хейссмейер 9 ноября 1936 г. стал официально именоваться генеральным инспектором национал-социалистического воспитания (
Учитывая, что NPEA были интернатами, т. е. были рассчитаны на постоянное проживание в них учеников, им были выделены очень неплохие здания: многие были зданиями бывших кадетских корпусов, бывшими монастырскими постройками, встречались и замки (ниже, где приводится список учебных заведений, указывается, в каких зданиях они размещались). Стандартный учебный план NPEA на неделю предусматривал 37 часов учебных занятий, из которых 8 часов отводилось на физическую подготовку и спорт, по 4 часа на немецкий, английский и латинский языки и математику, оставшиеся 13 часов отводились на историю, географию, биологию (куда входила и расовая теория), химию, физику, искусство и музыку.
Если в довоенный период NPEA были своеобразными гимназиями с усиленной национал-социалистической подготовкой, то после начала войны Хейссмейер стал их постепенно переориентировать на подготовку будущих командных кадров (вернее, кандидатов для последующей офицерской подготовки) для войск СС и вермахта. В 1944 г. рейхсфюрер СС неожиданно посчитал, что подготовка будущей элиты рейха – слишком важное дело, чтобы ее руководителем оставался «простой» обергруппенфюрер. И хотя Хейссмейер продолжал руководить NPEA, официальным главой этой организации стал сам Генрих Гиммлер.