9 ноября 1942 г. Винкельман сменил Адольфа фон Бомгарда на посту начальника всего Командного управления Главного управления ORPO и ближайшим помощником Курта Далюге по руководству германской Полицией порядка. А если учесть постоянную занятость Далюге проектом «государственного масштаба» и его плохое самочувствие, то значение Винкельмана в системе управления полицией еще более возрастает. В то же время он продолжал оставаться полицейским чиновником, пусть и высокого ранга, но прежде всего именно бюрократом. Его заслуги на этом поприще было 5 ноября 1943 г. отмечены Серебряным Германским крестом.
Руководить Командным управлением Винкельману довелось год и четыре месяца, после чего начальство посчитало, что его можно использовать и на более практической службе. 15 марта 1944 г. он был произведен в обергруппенфюреры СС и генералы полиции, а 19 марта 1944 г., в день, когда Венгрия в ходе операции «Маргарита» была занята немецкими войсками, он был назначен высшим руководителем СС и полиции в Венгрии. Одновременно уполномоченным Великогерманского рейха в Венгрии был назначен Эдмунд Веезенмайер. Тем же указом Гитлера устанавливалось, что «германские гражданские службы любого рода, которые должны действовать в Венгрии, создаются только по согласованию с имперским уполномоченным, работать под его руководством и осуществлять свою деятельность в соответствии с его указаниями. Для находящихся в Венгрии немецких сил ставятся задачи СС и полиции, в частности, для решения полицейских задач в области еврейского вопроса, что осуществляется через штаб имперского уполномоченного и входящего в него высшего руководителя СС и полиции, который действует в соответствии со своими политическими инструкциями»[199].
По должности дипломат Веезенмайер вроде бы был главнее, но он носил звание всего лишь бригадефюрера СС, а Винкельман был обергруппенфюрером. Последний упорно продолжал считать, что он как минимум занимает такое же положение, что первый категорически отметал. Подобные соперничество вызывало постоянные склоки между двумя ведомствами, конфликты и споры, бесконечные интриги и апеллирование к Берлину. Через какое-то время Винкельман и Веезенмайер перестали переносить друг друга. Но в целом позиции Винкельмана, за которым стоял Генрих Гиммлер, были сильнее, чем у Веезенмайера, авторитет шефа которого, имперского министра иностранных дел Иоахима фон Риббентропа, стремительно падал.
Во время службы в Будапеште Винкельман оказался причастен к депортациям из Венгрии евреев. Формально они проходили под его руководством через посредство подчиненного ему командира полиции безопасности и СС оберфюрера СС Ганс-Ульрих Гешке. Однако здесь, как это часто имело место в Третьем рейхе, возникло столкновение компетенций, поскольку этими операциями руководил Адольф Эйхман. Последний и Гешке, и Винкельмана игнорировал, поскольку подчинялся непосредственно шефу СД и полиции безопасности Эрнсту Кальтенбруннеру и начальнику гестапо Генриху Мюллера. (Заметим, что позже Винкельман в полной мере воспользовался этой ситуацией, открестившись от причастности к депортациям.) А вот в обеспечении государственного переворота 15–16 октября 1944 г., когда ударная группа СС во главе с Отто Скорцени похитила сначала сына регента Миклоша Хорти-младшего, а затем арестовала и самого Хорти-старшего, Винкельман принимал живейшее участие. Он обеспечил Скорцени всем необходимым, а затем принял все возможные меры, что пост главы государства занял ставленник СС Ференц Салаши. Можно сказать, что в октябре 1944-го Винкельман полностью переиграл Веезенмайера, оттеснив его на второй план.