Легион «Кондор» буквально висел над позициями басков и его самолеты преследовали даже одиночные автомобили. Когда немцы заправлялись, их «страховала» тяжелая артиллерия. Но, несмотря на это, в течение четырех дней Мола не мог сдвинуться с места. В гневе он приказал Шперрле начать уничтожение с воздуха промышленных предприятий Бильбао. Но даже немцам этот приказ показался слишком варварским, и они захотели услышать его от самого Франко. «Генералиссимус» не стал заходить так далеко. Во-первых, он считал, что предприятия тяжелой промышленности пригодятся ему самому (Мола, как ярый монархист, открыто говорил, что все беды Испании от заводов и их рабочих: чем меньше останется тех и других, тем лучше). Во-вторых, в промышленность Страны басков было инвестировано много английского капитала, а Франко никак не хотел ссориться с Лондоном, чтобы в нужный момент разыграть английскую карту против своих слишком навязчивых друзей из Берлина и Рима.
Наконец, 4 апреля Мола взял Очандиано, вклинившись в линию обороны республиканцев на 10–12 километров. 6 апреля немецкие «мессершмитты» сбили первый И-15, который пилотировал 18-летний испанский летчик. Но затем вплоть до 20 апреля мятежникам пришлось, неся большие потери, выдерживать яростные контратаки баскских резервов и астурийских бригад. Многие высоты несколько раз переходили из рук в руки и если бы не господство в воздухе германо-итальянской авиации, то Моле пришлось бы отступить. Немцы официально потребовали от генерала активизировать наступательные действия, и Мола призвал на помощь едва оправившихся от гвадалахарского разгрома итальянцев.
20 апреля 15 наваррских батальонов пошли на штурм высот Инчорт после полуторачасовой артподготовки и бомбежек силами всей авиации. Но два батальона басков держались героически. Они отступили только тогда, когда мятежники проникли к ним в тыл, где практически разбежался батальон анархистов. 24 апреля вдоль побережья начали наступать итальянцы. 22 апреля немцы сбили командира эскадрильи «курносых» Фелипе дель Рио, который на тот момент был лучшим асом республиканского Севера: одержал 7 побед.
Глава правительства Страны басков Агирре каждый день слал телеграммы в Валенсию с просьбой срочно прислать на помощь авиацию, так как бесконечные и безнаказанные бомбардировки начали сказываться на боевом духе бойцов. В ответ ему сообщали о плохой погоде и технических трудностях перелета через территорию, занятую мятежниками. Многие в Стране басков приходили в отчаяние. Росли антикоммунистические настроения: солдаты говорили, что им нужны не политкомиссары, а советские самолеты.
Чтобы окончательно сломить волю басков к сопротивлению, 26 апреля 1937 года немецко-итальянская авиация (23 «юнкерса», четыре новейших бомбардировщика «хейнкель-111», три «савойи СМ 81» и один «дорнье-17» в сопровождении 12 истребителей) в 16 часов 30 минут подвергла массированной бомбардировке священный для басков город Герника с 7000 жителей в 15 километрах от фронта. В этом городе рос старинный дуб, около которого испанские короли давали клятву соблюдать древние вольности и привилегии басков. Тот день в Гернике был ярмарочным: в город съехались крестьяне из окрестных деревень. Немцы завалили это скопление людей на центральной площади зажигательными и осколочными бомбами, сбросив в общей сложности 50 тонн смертоносного груза. Было убито 1645 и ранено 889 мирных жителей. В мире поднялась волна протестов, и немцы попросили Франко отрицать их участие в налете. Итальянцы публично открестились от Герники. После занятия города 28 апреля войсками мятежников специальная команда «Кондора» очистила его от остатков бомб. Иностранным корреспондентам было заявлено, что Гернику сожгли отступающие баски (вплоть до 1960-х годов франкисты упорно держались этой версии). Потом стали объяснять, что в Гернике сконцентрировалось много республиканских войск, что было явной ложью. Бомбардировкой Герники Франко и немцы добились обратного эффекта: ненависть к ним среди басков только возросла, и на сторону защитников Басконии встало все мировое общественное мнение.