13 июня Агирре собрал совещание в отеле «Карлтон» баскской столицы. Направленный после Гвадалахары на Север под именем «генерала Янсона» Горев (за разгром итальянцев под Гвадалахарой его произвели в комдивы) рекомендовал последовать примеру Мадрида и драться за каждый дом. Его поддержали коммунисты. Однако баски не хотели разрушения своей столицы и было принято решение отступать в Сантандер. Хотя 14 июня астурийские бригады предприняли мощную контратаку, баски уже начали отход. Некоторые лидеры БНП в последний момент попытались договориться с врагом. К чести сражающихся, надо сказать, что ранее они отвергали попытку Ватикана оказать посредничество в заключении сепаратного мира между басками и Франко. Госсекретарь (т. е. глава внешнеполитического ведомства) Ватикана кардинал Пачелли направил обычной почтой Агирре через Париж соответствующее письмо. Но, по ошибке, французская почта послала его не в Бильбао, а в Валенсию, где оно попало в руки тогдашнего премьера Ларго Кабальеро. Тот заподозрил басков в двурушничестве, а те его — в провокации. На самом деле баски отвергли в апреле-мае все предложения о сепаратном мире.
Но теперь министр юстиции баскского правительства Лейсаола отказался выполнить приказ о разрушении мостов и ведущих оборонных предприятий. Он же выпустил из тюрем 2000 арестованных членов «пятой колонны».
И все же Бильбао продолжал сражаться. Вступивший в командование первой баскской дивизией бывший командующий XIV-й интербригадой эльзасец Лутц создал новый фронт вокруг города. 16 июня поступил приказ Прието удерживать город любой ценой. 17 и 18 июня компартия призвала жителей Бильбао «превратить каждый дом в крепость». 17 июня бои начались непосредственно в городе. Попытка «пятой колонны» поднять мятеж была быстро подавлена анархистами. В тот же день на город обрушилось более 20 тысяч снарядов, и 18 июня правительство Страны басков отдало приказ об отступлении на запад. И, тем не менее, в этот день несколько батальонов отказались подчиниться приказу и контратаковали мятежников, отбив у них казино «Арчанда».
Днем 19 июня 1937 года в Бильбао вошли первые части наваррцев. На улицы вышли 200 членов «пятой колонны», размахивавших монархическими флагами. Но тут неожиданно появился республиканский танк и разогнал толпу, после чего удалился к своим в западном направлении.
Потеря Бильбао и Страны басков была тяжелым ударом для республики. В плен попало 10 тысяч бойцов из батальонов БНП. Враг захватил нетронутой всю тяжелую промышленность, 18 тысяч снарядов и 3 млн патронов. Во время баскской кампании немцы потеряли от огня советских истребителей два бомбардировщика «хейнкель 111». Сначала эти машины летали на бомбежки без истребительного сопровождения, так как преобладавшие среди ВВС республики на Севере И-15 уступали им в скорости. Однако с появлением И-16 картина изменилась и немцам пришлось прикрывать свои новейшие бомбардировщики.
Первоначально Франко, не желая раздражать итальянцев, не проводил в Бильбао массовых репрессий против мирного населения. Еще в марте после зверств в Малаге он обещал итальянскому послу, что лично будет рассматривать все смертные приговоры. Каудильо так и делал, но с удовольствием и быстро подписывал целые пачки расстрельных списков. Теперь это было уже «законно». Мятежники сразу распустили все автономные органы Страны басков и запретили баскский язык. В боях погибло 11 тысяч басков и еще 15 тысяч были убиты в ходе бомбежек «Кондора». 49,5 тыс. получили серьезные ранения и 21,5 тыс. были расстреляны до конца войны. В лагерях и тюрьмах к 1939 году томились 86 тысяч заключенных-басков и 150 тысяч были вынуждены покинуть родину. Почти 600 тысяч подверглись другим, более «мягким» формам преследований (штрафы, конфискация имущества и банковских счетов, увольнение с работы и т. д.). 31 июля 1937 года, следуя примеру своих германских друзей, фалангисты сожгли в Бильбао книги Франса, Золя, Диккенса, Генриха Манна и, естественно, Карла Маркса.
С военной точки зрения, завоевание Страны басков было, прежде всего, триумфом немецкой авиации. В телеграмме Гитлеру Франко благодарил «великий германский народ и его фюрера» за оказанное доверие. А в беседе с Фаупелем «генералиссимус» крайне пренебрежительно оценил боевой вклад итальянцев и даже сказал, что не будет возражать против их отправки на родину при условии, что вооружение будет оставлено в Испании.
И все же большого повода для радости у Франко не было. Если с мощнейшей немецкой авиационной поддержкой его войска за 80 дней прошли 60 километров, то что было бы, если бы баски имели советские танки и самолеты в таком же количестве, как под Мадридом? К тому же войска Молы-Давилы понесли такие потери, что им потребовался почти месяц, чтобы возобновить наступление.