В начале сентября 1795 года Ага-Мохаммед-хан уже находился на подступах к Тифлису. У грузин не осталось времени на подготовку к обороне города, и Ираклию II не удалось своевременно стянуть к столице необходимое количество войск. Дело в том, что большинство царевичей предпочло отсиживаться в своих уделах, а остальные явились лишь с небольшими отрядами. В результате царь вместо 40 000 воинов собрал под свои знамена всего лишь 5-тысячный отряд. Тогда как Ага-Мохаммед-хан выделил для похода на Грузию 35-тысячное войско.
10 сентября враг подошел к Тифлису. Несмотря на малочисленность своего отряда, Ираклий решил принять бой. 10 (21) сентября в битве у Соганлуга грузины отбросили авангард персидской армии, нанеся ему тяжелый урон. Персы заколебались, Ага-Мохаммед-хан стал уже сомневаться в успехе своего предприятия и собирался вернуться назад, но предатели тайно отправили из Тифлиса во вражеский лагерь гонца, который сообщил Ага-Мохаммед-хану о малочисленности защитников города.
Ободренные этим известием, персы 11 сентября возобновили наступление.
Решающее сражение произошло на Крцанисском поле к югу от Тифлиса. Здесь 11 (22) сентября 5 000 грузин сразились в смертельном бою с 35-тысячным персидским войском.
Это было одно из самых трагических сражений в истории грузинского народа. Численное превосходство иранцев решило исход битвы – грузины потерпели поражение. Сам Ираклий II в разгаре сражения был окружен противником; царя выручил его внук царевич Иоанн, который с небольшим отрядом прорвался сквозь вражеские ряды и увез его с поля боя.
Ираклий удалился в замок Ананури. Войска Ага-Мохаммед-хана ворвались в Тифлис и страшно разорили город, осквернили православные храмы, пленили и увели в рабство тысячи православных грузин. Сам шах, заняв царский дворец, сначала ограбил его, а затем разрушил. По приказу Ага-Мохаммед-хана были превращены в развалины пушечный завод, арсенал, монетный двор.
А. П. Головин в своем «Историческом обозрении Грузии» описывал это так: «Великолепный дворец царя предан был пламени, как и весь город. Ни младенчество, ни старость не могли возбудить жалость лютого победителя. Враги плавали в крови христианской, и бесчеловечный Магомет-хан тогда только прекратил ужасы, когда в Тифлисе не осталось ни одной души живой. Кровавый пир злодеев продолжался с 11 по 17 сентября 1795 года. Город обращен был в кучу пепла и развалин».
Более того, карательные отряды шаха рыскали по всей стране. Один из таких отрядов был направлен в Ахталу. Персы разграбили и разрушили там сереброплавильный и медеплавильный заводы и угнали в плен большинство рабочих. Карательные отряды ворвались и в Шида-Картли (Внутренняя Картли), однако там им не удалось учинить расправу, ибо все население успело укрыться в надежных убежищах. При переходе через Арагви часть персидского отряда столкнулась с хевсурской дружиной численностью в 500 воинов, и хевсуры полностью истребили неприятеля.
Укрепившись в Ананури, Ираклий II, стараясь выгадать время, начал переговоры с Ага-Мохаммед-ханом. Об этом он уведомил русское командование, прося у него неотложной помощи.
Императрица Екатерина II, после долгих проволочек, велела «подкрепить царя Ираклия, яко вассала Российского против неприязненных на него покушений». Но, к сожалению, это решение оказалось откровенно запоздалым. Генерал И. В. Гудович получил приказ императрицы только 1 октября, когда Тифлис уже был разорен войсками Ага-Мохаммед-хана.
Последний, не дождавшись окончания переговоров, поспешно покинул пределы Грузии.
В апреле 1796 года Россия, наконец, направила 13-тысячный Каспийский корпус под командованием генерала В. А. Зубова из Кизляра в северные провинции Персии. Но целью этой экспедиции было не столько спасение Грузии, сколько «освобождение» Персии от «бунтовщика» Ага-Мохаммед-хана. Вдохновителем похода был сам Валериан Зубов. Разорение же Тифлиса явилось лишь одним из поводов к войне.
Военные действия развивались благоприятно для русской армии, и в ноябре русские войска достигли слияния рек Кура и Аракс. Однако 6 (17) ноября 1796 года Екатерина II скончалась, и с ней ушли в прошлое проекты завоевания Персии.
Грузия опять была предоставлена сама себе, и только смерть Ага-Мохаммед-хана избавила ее от нового страшного нашествия. Но в любом случае поражение в войне с персами стало тяжелым ударом для Ираклия II. После ухода Ага-Мохаммед-хана он переехал в Телави и, терзаемый чувством вины и покаяния, уже никогда не возвращался в Тифлис.
11 (22) января 1798 года царь умер. Его похоронили в кафедральном соборе Светицховели.
Когда скончался Ираклий II, на трон взошел его сын Георгий XII, которому суждено было стать последним грузинским царем. Не имея сил для борьбы с агрессией Персии и притязаниями братьев на престол, Георгий XII попросил российского императора Павла I о принятии Грузии в подданство России – «чтобы с этих пор царство картлосианов считалось принадлежащим державе Российской с теми правами, которыми пользуются находящиеся в России другие области».