В следственной тюрьме он по первому разу пробыл недолго – помогло ходатайство матери на имя Сталина – сына освободили «за отсутствием состава преступления». На свободе Гумилев уже тогда занялся изучением древних тюрок. В 1937 году ректор университета М. С. Лазуркин помог ему восстановиться на втором курсе, тогда же он выступил у востоковедов с докладом о тюрках VII–VIII веков. Даже этот, еще студенческий доклад, удостоился через 20 с лишним лет публикации в «Советской этнографии».
Географы Московского университета в 1937–38 годы уцелели – видимо, за широкой спиной старого большевика-меньшевика Баранского, который все еще оставался в любимцах у Сталина. Питерскому университету досталось куда круче. Студента Гумилева уже в начале 1938 года арестовали, приговаривали к расстрелу, потом кару смягчили; побывал, он и в «Шпалерке», и в «Крестах», и на Беломорканале, а после переследствия (а таковые случались при заменах высших персон, вроде Ежова на Берию) получил новый срок – 5 лет – и провел его «во глубине сибирских руд» в Норильске в роли техника-геолога на медно-никелевых рудниках. Остался там же ссыльнопоселенцем, и лишь в 1944 году ему разрешили вступить добровольцем в Красную армию, продолжая традиции отца, тоже добровольца. Рядовой Гумилев в составе 1-го Белорусского фронта с боями прошел до Берлина.
Восстановленный в университете, Лев Николаевич сумел уже в начале 1946 года сдать положенные за все курсы экзамены и зачеты, защитить диплом, поступить в аспирантуру академического Института востоковедения, сдать и там все кандидатские экзамены. Летом того же года 34-летний Гумилев участвовал в Подольской археологической экспедиции, руководимой М. И. Артамоновым. Но – грянула ждановщина!
Отказавшийся до войны отрекаться от отца. Лев Николаевич не осудил и мать – как же не отчислить такого сына из аспирантуры, как же не воспрепятствовать защите уже готовой кандидатской диссертации! Нашлась и демагогическая формулировка отлучения от науки – без всякой политики: «В связи с несоответствием филологической подготовки избранной специальности». Не иначе, как упрек в неполном знании восточных языков!
Особенно яростным противником молодого соискателя проявил себя ближайший коллега по институту – археолог Александр Натанович Бернштам, 38-летний доктор наук и профессор университета. Ему было мало собственных успехов в исследованиях среднеазиатских древностей – 36-летний Лев Гумилев ревизовал концепции претендента в монополисты, и «красный профессор» предпочел перенести полемику в иные сферы.
1947 год Лев Николаевич трудился в должности библиотекаря психоневрологической больницы, заработал себе положительную характеристику и, опираясь на нее, предъявил свою диссертацию уже не бернштамовским востоковедам, а историкам университета. Тут снова помог ректор – на этот раз А. А. Вознесенский. В октябре 1948 года именно в университете Лев Николаевич блестяще защитил кандидатскую диссертацию. А еще перед этим он наращивал свой полевой стаж – работал на Алтае под руководством профессора С. И. Руденко на раскопках уникального кургана.
7 ноября 1949 года – 32-я годовщина Октября, канун 50-летия Сталина с вытекающим из него потоком приветствий и иных «маразмов-миазмов». А 37-летнего Льва Гумилева, как раз в возрасте погибшего Пушкина, решили именно в этот день хоть и не пристрелить, но понадежнее изолировать. Особое совещание впаяло ему 10 лет лагерей особого назначения. Он попал под Караганду (Чурбай-Нура), а позже его перевели в шахтерский поселок Ольжерас, у впадения реки Усы в Томь – теперь это известный кузбасский городок Междуреченск, переживающий сегодня новую трагедию из-за взрывов в шахтах и массовой гибели шахтеров.
Даже в лагере не прерывалась интеллектуальная жизнь, хотя это была совсем не шарашка из «Круга первого» Солженицына. Интереснейшие беседы с физиком Козыревым, с биологом Вепринцевым, с ныне известным телеобозревателем Львом Александровичем Вознесенским и сколькими еще подобными людьми помогали Льву Николаевичу ковать и оттачивать начала своего новаторского учения об этносах.