9 мая около шести вечера перед ужином она, как обычно, уходит в лес, но на этот раз долгое время не возвращается. Её находят недалеко от дачи достаточно быстро и возвращают. Но спустя час она вновь исчезает. Её ищут около двух часов, обходят весь лес, но не находят. Тогда они решают, что Яна вернулась в город – подальше от тесноты и гнетущей атмосферы. Говорят, ей было свойственно сорваться с места без предупреждения, поэтому родные привыкли к такому поведению. Утром отец первой же электричкой возвращается домой, обзванивает всех знакомых и друзей дочери, обходит все места, где она могла бы быть. Однако поиски безуспешны. Милиция примет заявление о пропаже лишь на третий день. О гибели Янки не может идти и речи. Ходят слухи и об открытке, которую получили некоторые близкие друзья Янки 10 мая, примерно со следующим текстом: «Пускай у тебя все будет хорошо. Я тебя очень люблю. Дай бог избежать тебе всех неприятностей».
О пропаже Янки сообщают в Москву. Именно в столице начинают бить тревогу. Художник Кирилл Кувырдин звонит в Новосибирск, но ему объясняют, что с Дягилевой такое случается – уйдёт, погуляет и вернётся. Оказалось, что среди бесчисленных знакомых, друзей и поклонников по-настоящему близких людей, которых бы всерьёз встревожило её исчезновение, не обнаружилось. Конечно же, все волновались и гадали, где бы она могла быть, но реальными поисками не занимались. Журналист «Комсомольской правды» Юрий Щекочихин, толком не знавший Янку, по своим каналам всё-таки поднял на поиски милицию Новосибирска.
После…
Янка ушла 9 мая 1991 года, в День Победы. Может, это была ее победа над собой, а может быть, над нами? Что на самом деле случилось с Янкой Дягилевой в этот день, знают только воды реки Иня. Но разве у них спросишь? Где они теперь, в каких океанах растворились?
Нашли Янку только 17 мая. Её обнаружил ранним утром рыбак в реке Иня, впадающей в Обь, недалеко от железнодорожной станции «Издравая». По данным С. И. Дягилева, это произошло возле станции «Инская».
Александр Рожков предполагает, что утонула Яна рядом с остановочным пунктом «Новородниковый», который расположен выше по течению.
Тело несло по воде более сорока километров, поэтому Дягилеву удалось опознать лишь по одежде: тело сильно разбухло от воды и жары. Яну Дягилеву похоронили в красном закрытом гробу в Новосибирске на Заельцовском кладбище, среди деревьев, справа от могилы Сергея Шуракова.
Похороны прошли в кругу родных, друзей, музыкантов, тусовщиков и фанатов. Елена Оренинская оценивает это мероприятие: «Летов превратил их в саморекламу, все сводил к своей философии, музыке, а не о погибшем человеке говорил. Игорь [Краснов] сказал еще тогда, что Летов всегда будет подталкивать к смерти людей вокруг себя, а сам умирать не собирается». Сама же Янка говорила, что настоящая она в своих песнях. Получается, что песни – это то, что могло лучше всего сказать о ней. Следовательно, говоря о её творчестве, Егор говорил и о самой Янке.
Папа Янки до последнего не верил, что его дочь стала известным поэтом и музыкантом. Однако на похоронах толпа людей (более тысячи человек), приехавших из разных уголков России, убедила его в значимости личности дочери для людей, оценивших её творчество. После её смерти Станислав Иванович продолжает общаться с друзьями Янки, а, например, с Анной Волковой-Владыкиной («Нюрычем») он видится и сейчас. Анна помогает ему, поддерживает. В силу возраста и глубокого доверия Станислав передал ей все права на творчество дочери, чтобы она могла полноправно распоряжаться её наследием.
Существует две версии смерти Янки: либо это самоубийство, либо несчастный случай. Не исключено, что утонуть ей могли «помочь»: отмечая День Победы, молодые люди могли напиться и преследовать 24-летнюю девушку в заснеженном сибирском лесу. Однако в подробном отчёте медицинской экспертизы не было никаких указаний на насильственные повреждения. Изначально не исключали и версию наркотиков, но знакомые сразу же её отклонили: «Это неправда, Янка боялась даже лекарства принимать и за всю жизнь не выпила ни одной таблетки».