Говоря об июльских событиях 1918 года в Ярославле, нельзя не задать вопрос об отношении Православной церкви к повстанцам. Красные-то, понятное дело, со своим отношением к духовенству определились сразу же. В одном из сообщений, направленных в военный комиссариат, говорится: «Тов. Аркадьев говорит: когда он был в Ярославле, то приказал расстрелять всех попов и монахов, так как они все были вооружены»..
Среди частей Красной армии, принимавших участие в ликвидации выступления, даже появилась поговорка: «В Ярославле что ни поп – то пулеметчик». Это было связано в первую очередь с тем, что звонницы многих церквей в центре города использовались как пулеметные площадки. Однако нет никаких убедительных доказательств того, что именно священнослужители вели огонь по красноармейцам. Сторонники этой версии обычно приводят свидетельство командира новгородского отряда Полякова: «Мною было выкачено одно орудие против этой церкви и шагов из 1000 она была обстреляна, но все же пулемет с таковой бил. В ночь на 8 или 9 церковь была красноармейцами окружена и с таковой с пулеметом был снят поп». Много позже комиссия по канонизации, которая занималась делами ярославских новомучеников и исповедников, исследовала этот вопрос. Церковь Владимирской иконы Богоматери на Всполье оказалась в средоточии военных действий. После подавления восстания настоятель храма священник Александр Автономович Смирнов был расстрелян за то, что во время восстания с колокольни его церкви велся обстрел красных. Красными был распущен слух, что он якобы и вел обстрел. В материалах комиссии говорилось: «Красные расстреляли на месте, вымещая злобу за успевшего скрыться пулеметчика». Забегая вперед, надо отметить, что среди ярославских новомучеников очень заметно количество священнослужителей, которые стали жертвами именно в связи с причастностью к Ярославскому восстанию. Среди арестованных и расстрелянных был, например, ярославский священник Александр Петрович Елоховский. Другой, Владимир Флегонтович Виноградов, служивший в окрестностях Любима, был казнен за то, что помогал повстанцами из числа крестьян. Под расстрел можно было попасть и вовсе без свершения каких-либо ярко выраженных действий. Отец Николай (Любмудров) из села Лацкое был казнен за то, что свершил молебен о здравии крестьян, ушедших в повстанческий отряд, заказанный женами этих крестьян.