Организационно до января 1943 года РОН состояла из шести взводов — пяти боевых и одного учебного. Позже она состояла из трех взводов — двух боевых и одного хозяйственного. Решением НК ВМФ от 15 марта 1945 года рота передислоцировалась в поселок Какумяэ, под Таллином, где и находилась до октября 1945 года»5
.Вскоре РОН провела свою первую операцию. В конце августа—начале сентября 1941 года на Карельском перешейке попала в окружение Выборгская группировка советских войск. Кроме того, финны овладели одним из островов Выборгского залива, тем самым закрыв выход из порта в море. Обстановка сложилась чрезвычайная. И тогда было решено пустить в дело РОН, перед которой была поставлена задача очистить остров от противника. Рота скрытно выдвинулась в район Выборга. Двое суток разведчики вели наблюдение за островом, нанося на карту позиции и огневые точки противника. В последний момент перед высадкой десанта финны сами покинули остров. Но, несмотря на то, что роте не пришлось вступить в бой, она продемонстрировала пригодность к выполнению подобных задач: штурмовая группа в составе 50 человек проникла на остров при помощи легководолазного снаряжения.
По замыслу командования РОН была организована для обеспечения деятельности агентурной разведки, но события 1941—1942 годов заставляли использовать подразделение не по прямому назначению. В тревожные дни сентября 1941 года, когда решалась судьба города и в сражение бросались все резервы, РОН принимала участие в нескольких десантах, в том числе и в Шлиссельбургском, в ходе которого погибли наиболее подготовленные водолазы-разведчики (ВР).
В суровую зиму 1941 года часть личного состава РОН была направлена на первую разведку маршрута ледовой трассы через Ладожское озеро. Прокладка маршрута «Дороги жизни» протяженностью 30 км была выполнена в двухдневный срок. С началом функционирования «Дороги» водолазы-разведчики постоянно привлекались для подъема затонувших грузовиков и барж.
Документов, регламентирующих подготовку и проведение разведывательно-диверсионных действий, не существовало. Опыт отсутствовал. Поэтому из-за нечеткой, тактически безграмотной организации действий разведчиков, неслаженности в работе ВР и сил обеспечения операций, особенно в 1941—1942 годах, имели место случаи невыполнения задач. Например, выделяемые из состава флота катера не всегда проявляли терпение и настойчивость при съемке ВР с побережья: при ухудшении погоды катера уходили в базу, не дождавшись разведчиков.
Наконец в 1943 году РО ШБФ было издано «Наставление на проведение разведывательной деятельности». Этот документ регламентировал подготовку разведчиков к планируемым операциям, подготовку сил и средств высадки и съемки, организацию взаимодействия при высадке и съемке разведывательных групп (РГ), их действия на берегу.
«Наставление» сыграло крайне важную роль для РОН. Теперь перед каждой операцией личный состав проходил специальные тренировки в таких же условиях, какие ожидали разведчиков в предстоящей операции. Это сразу же сказалось на потерях роты: в 1943 году — семь человек, в 1944 году — один человек. Так приходил опыт.
Володьку Евстигнеева привела к разведчикам его мать. Случилось это голодной весной 1942 года. Прохватилов, направляясь к проходной, увидел возле рослого часового посетителей — худенькую женщину и мальчика лет десяти.
«Товарищ начальник, сынишку вот привела к вам. Возьмите ради Бога, а то помрет с голоду сынок». Произнося эти слова, женщина готова была разрыдаться. «Как звать тебя, герой?»