При жизни Кристиана IV тринадцатилетняя Леонора Кристина была выдана замуж за тридцативосьмилетнего придворного Корфица Ульфельдта (Corfitz Ulfeldt), коварного, продажного человека, который со временем впал в немилость у короля. И поскольку верность Ульфельдта оказалась под подозрением, через три года после вступления Фредерика III на престол Леонора и ее муж бежали из страны. Вскоре сомнения относительно последнего оправдались, когда, переметнувшись на сторону шведов, Ульфельдт помог их королю Карлу Х осуществить вторжение в Данию. Со временем из-за его неоднократных предательств и смены союзников Ульфельдту перестали доверять все стороны, и после заключения под стражу в Швеции он был заперт вместе с женой в крепости Хаммерсхус на датском острове Борнхольм. Уступив свои земельные владения, чета получила свободу, и Ульфельдт уплыл за границу, едва избежав веревки палача и бросив жену одну. Никогда больше не увидев мужа, но оставаясь верной его памяти, Леонора Кристина содержалась в одиночной темнице Копенгагенского замка почти двадцать два года в ужасающей сырости и кишащей крысами грязи. Пока мстительная королева София Амалия оставалась в живых, она сопротивлялась любому предложению об освобождении Леоноры, и, хотя следующий король улучшил условия ее содержания, он не осмелился освободить ее вплоть до смерти своей матери. В конечном счете триумф Леоноры Кристины был больше, чем у ее злопамятной невестки. Позже, описав годы своего заключения, она стала легендарной героической фигурой, прославившейся своей стойкостью. Многие датчане до сих пор восхищаются ею.
У Фредерика III и его супруги Софии Амалии родилось восьмеро детей, шестеро из которых дожили до зрелости. Многие из них заключили важные династические браки; мужьями их четырех дочерей были курфюрст Саксонии, курфюрст Пфальца, герцог Гольштейн-Готторпский и король Швеции. Кроме того, в жены их младшему сыну Георгу была выбрана Анна Стюарт – праправнучка своей датской тезки, которая впоследствии стала королевой Англии, Шотландии и Ирландии и первым монархом Соединенного Королевства Великобритании. Хотя Людовик XIV предложил кандидатуру Георга на польский престол, Георг как истый лютеранин отказался от этой чести по религиозным соображениям. Однако его вера сделала его крайне подходящим для младшей дочери-протестантки католика Якова II, которая в то время была третьей в очереди на англо-шотландский престол. Хотя последовавший брак был счастливым, наследников не было, несмотря на семнадцать беременностей Анны. Помимо множества замерших беременностей и мертворождений, двое ее младенцев стали жертвами черной оспы, а ребенок, проживший дольше остальных, умер от лихорадки через несколько дней после своего одиннадцатилетия. Таким образом, Анну сменил на престоле курфюрст Ганновера Георг I, ее дальний родственник, который также приходился двоюродным братом ее мужу. По этой причине потеря детей стала не только личной трагедией, но и причиной того, что британская королевская династия оказалась Ганноверской, а не Ольденбургской.
Дания была избавлена от величайших ужасов Тридцатилетней войны, которая закончилась в том же году, когда не стало Кристиана IV, но через десять лет Фредерик III снова ввязался в столкновение со Швецией. Увидев, что его противники втянуты в войну с Польшей, в 1657 г. он решил вернуть себе земли, потерянные его отцом двенадцать лет назад. Однако теперь шведский король Карл X Густав освободился из польской кампании и начал вторжение в Данию, двигаясь в Ютландию и подступая к Копенгагену через острова. Дерзкий план короля Карла X Густава, ведшего своих людей через замерзшие морские пути Малого и Большого Бельта, увенчался успехом. Понимая, что возможности неравны, Фредерик согласился сдаться Карлу X Густаву, и согласно последовавшему Роскилльскому миру Дания была вынуждена согласиться на жесткие условия шведского короля. Стране пришлось пойти на большие территориальные уступки, прежде всего отказаться от ценного, плодородного района Сконе (Скания), сейчас самой южной оконечности Швеции. Среди других потерь Фредерика III остров Борнхольм и большая центральная область Норвегии вокруг Тронхейма (ею Швеция владела всего два года), имевшая особое значение, поскольку разделяет страну надвое.
Тем не менее Фредерик хотел встретиться со своим бывшим врагом и пригласил Карла навестить его в замке Фредериксборг, где они, отмечая договор, три дня вдвоем предавались обильным увеселениям. Через четыре месяца после подписания Роскилльского мира король Швеции снова напал на Данию, оправдываясь тем, что датчане не выплатили контрибуцию. Однако Фредерик, взяв на себя руководство обороной столицы, немедленно приказал сжечь все здания за стенами города и накрепко закрыть ворота, после чего в течение двадцати двух месяцев осажденный город подвергался непрерывному нападению.