С казнью Бесса война не закончилась. Спитамен возглавил еще более грозное восстание, но в итоге ему пришлось уйти в земли своих союзников массагетов, которые отрубили ему голову, отослали ее Александру и признали его власть (лето 328 г.). Однако восставшие по-прежнему удерживали Паретакену. В середине снежной зимы Александр начал осаду твердыни одного из согдийских вождей, Оксиарта, известной как Согдийская скала и считавшейся неприступной. В ответ на его призыв 300 горцев-македонян, используя веревки и железные колья, взобрались на утес. 30 разбились насмерть, но, когда остальные появились на вершине над крепостью, гарнизон сдался. Александр влюбился в одну из пленниц – Роксану, дочь Оксиарта, славившуюся своей красотой, – и объявил о намерении жениться на ней. Тогда Оксиарт сдался и стал помогать Александру. Свадьбу Александра и Роксаны отпраздновали в крепости другого вождя, Хориена, который капитулировал под впечатлением очередного подвига скалолазов. Брак Александра отвечал и политическим расчетам, так как честь, оказанная согдийской знати, и сохранение за Оксиартом и Хориеном их привилегий весной 327 г. привели к прекращению всякого сопротивления.
В 330 г. Александр впервые столкнулся с оппозицией в рядах македонской армии. Люди хотели вернуться домой. В то время как Александр намеревался покорить горные области Персидской империи, они полагали, что смерть Дария означает конец кампании. Поскольку, по сути, они представляли собой македонский народ, Александр собрал их и произнес речь как в народном собрании. Солдаты согласились продолжить войну. Персидская политика Александра вызывала серьезное недовольство среди гетайров. Поскольку Александр назначал персов на высшие должности и требовал от них верности себе как царю Персии, он и со своими персидскими подданными обращался на персидский манер. Когда Дарий погиб, Александр при решении персидских дел стал носить персидское платье, не слишком бросающееся в глаза. Позже он судил и казнил Бесса по персидскому обычаю, а персиянку Роксану сделал царицей. Наиболее важным аспектом персидской монархии являлось «родство» царя с персидскими аристократами. В качестве «родственников» они образовывали его окружение и получали от него земли и власть; они судили предателей, сражались за него как конная царская гвардия и служили ему как министры, сатрапы и полководцы. Будучи принят в персидскую царскую семью, Александр претендовал на такое «родство», и после брака с Роксаной и завоевания внутренних областей знатные персы признали его притязания. В Александре они видели «царя земель всех народов», получившего это божественное право от Ахура-Мазды, и падали перед ним ниц как перед своим повелителем.
Теоретически политика Александра была понятна гетайрам-македонянам. Македонское государство было устроено почти аналогичным образом: знатные македоняне считались «родственниками» царя, получали от него земли и полномочия и исполняли те же самые обязанности; а македонское народное собрание судило изменников согласно своим законам. Однако македоняне были более склонны видеть различия, чем сходство. Особенно сильно разницу подчеркивали греки, служившие среди гетайров и в армии. Они всегда рассматривали персидскую монархию как противоположность греческой свободе в политике и религии. Больше всего недоразумений вызывал обычай падать ниц перед царем (proskynesis), так как для грека, а возможно, и для македонянина он означал преклонение перед богом. Александр пытался побороть скрытую оппозицию среди гетайров, всячески подчеркивая, что он тоже македонянин, не воспринявший персидских обычаев, и прибегает к ним только из политических соображений. Он шагал вместе с македонянами через покрытые снегами горы и через безводные пустыни; в Бактрии он был дважды ранен; он охотился и пил со своими гетайрами так же, как в Европе. Из Македонии были вызваны знатные юноши, чтобы пополнить ряды пажей и в должный срок стать гетайрами. Александр спрашивал мнения у совета гетайров, выступал перед македонским народным собранием и прикладывал македонскую печать ко всем документам Македонского государства. В отношении своей веры он оставался стопроцентным македонянином. «По обычаю предков» проводились игры, жертвоприношения и богослужения; македонский двор Александра оставался незатронут религиозными представлениями египтян, вавилонян и персов. Царь считался наследником Зевса, основателем его династии, и вслух взывал к Зевсу во время битвы при Гавгамеле. Он всегда носил с собой «Илиаду». Он был diogenes, то есть «происходил от богов», и для потомка Геракла и Ахилла покорность восточных жрецов и знати не имела никакого религиозного значения.