Тутмос I, очевидно, не казался опасным, так как ему позволили жить. Тутмос III вскоре сбросил с себя опеку легитимной партии. После тридцати месяцев правления он воздвиг на месте древнего кирпичного храма своего предка Сенусерта III в Семне, у вторых порогов, храм из прекрасного нубийского песчаника, в котором заботливо восстановил древнюю пограничную плиту Среднего царства и возобновил декрет Сенусерта, обеспечивающий приношения храму путем постоянного дохода. При этом он ни одним словом не обмолвился в своей царской титулатуре, стоящей в начале дарственной записи, о каком-либо соправительстве своей жены Хатшепсут. В действительности он не нашел для нее более почетного титула, чем «великая, или главная, царская жена». Но не так легко было отстранить легитимную партию. Назначение Хатшепсут наследницей около пятнадцати лет перед тем и, что было еще более значительно, ее происхождение от древней фиванской фамилии Секененра и Яхмосов являлись очень серьезными фактами в глазах вельмож этой партии. В результате их стараний Тутмос III был вынужден признать свою жену соправительницей и фактически допустить ее к участию в управлении. Вскоре ее сторонники стали настолько сильны, что царь оказался серьезно урезан в своих правах и даже в конце концов отодвинут на задний план. Таким образом, Хатшепсут стала царем – факт невероятный и вовсе не гармонировавший с государственной легендой о происхождении фараона. Она была названа «женским Гором»! Слово «величество» получило женскую форму (так как по-египетски оно согласуется с полом правителя), и обычаи двора были изменены и исковерканы так, чтобы они могли подходить к правлению женщины.
Хатшепсут немедленно предприняла самостоятельные работы и постройку царских памятников, в особенности великолепного храма для посмертной службы по ней в углублении скал, на западной стороне реки, в Фивах. Это храм, известный теперь под именем Дейр-эль-Бахри; в дальнейшем мы будем иметь случай говорить о нем подробнее. Мы не можем установить в настоящее время, ослабили ли себя взаимной борьбой жреческая партия Тутмоса III и партия легитимистов, так что они стали легкой добычей третьей партии, или же счастливый поворот судьбы благоприятствовал партии Тутмоса II. Во всяком случае, приблизительно после пяти лет царствования Тутмоса III и его энергичной жены Тутмосу II, соединившемуся со старым низложенным царем Тутмосом I, удалось отстранить Тутмоса III и Хатшепсут и завладеть короной. После того Тутмос I и II, отец и сын, начали ожесточенно преследовать память Хатшепсут, стирая ее имя на памятниках и помещая вместо него два своих имени всюду, где только было возможно.
Слухи о распрях в царском доме достигли, вероятно, Нубии, и в день восшествия на престол Тутмоса II он получил известие о серьезном восстании там. Разумеется, фараону было невозможно оставить двор и столицу на произвол врагов в тот момент, когда он едва овладел скипетром. Он был вынужден поэтому отправить армии под начальством своего подчиненного, который быстро дошел до третьих порогов, где подвергался большой опасности скот египтян, живших в долине. Согласно инструкциям, египетский военачальник не только разбил армию, но и убил всех мужчин, которых мог найти. Он взял в плен ребенка мятежного нубийского вождя и несколько других туземцев, которые были затем уведены в Фивы в качестве заложников и прошли перед сидевшим на троне фараоном. После этой кары в Нубии опять наступила тишина, но зато на севере новый фараон должен был идти против азиатских повстанцев вплоть до Нии на Евфрате. По дороге туда или, быть может, на обратном пути ему пришлось предпринять карательную экспедицию в Южную Палестину против хищников-бедуинов. Его сопровождал Яхмос-пен-Нехебт из Эль-Каба, взявший столько пленников, что он не считал их. Это был последний поход старого вояки, который, как его родственник и земляк Яхмос, сын Эбаны, удалился затем с почетом на покой в Эль-Каб. Величественный храм Хатшепсут, неоконченный и опустелый, покинутый рабочими, был использован Тутмосом II после его возвращения с севера для увековечения памяти о его азиатском походе. На одной из пустых стен он изобразил получение им дани от побежденных, и можно до сих пор еще разобрать в пояснительной надписи слова: «лошади» и «слоны». Возможно, что наступившая в это время смерть престарелого Тутмоса I настолько ухудшила положение слабого и больного Тутмоса II, что он вступил в соглашение с Тутмосом III, жившим в это время, по-видимому, вдали от дел, но, разумеется, искавшим втайне случая восстановить свое положение. Во всяком случае, мы находим их обоих на краткое время в качестве соправителей, но это положение было прервано смертью Тутмоса II, царствовавшего самое большее три года.