Тутмос III, таким образом, вновь владел престолом, но он не мог один бороться против сторонников Хатшепсут и был вынужден к компромиссу, признав царицу своей соправительницей. Этим дело не кончилось; партия Хатшепсут была столь могущественна, что, хотя и нельзя было окончательно низложить Тутмоса III, все же он был вновь отодвинут на задний план, и царица стала играть руководящую роль в государстве. Она и Тутмос III считали годы своего совместного царствования с момента первого восшествия на престол Тутмоса III, как если бы оно вовсе не было прервано коротким царствованием Тутмоса II. Царица принялась энергично за работу, как первая великая женщина, известная в истории. Архитектор ее отца Инени следующим образом определяет положение обоих правителей: после короткой заметки о Тутмосе III как «правителе на престоле того, кто породил его» он говорит: «Его сестра, Божественная Супруга Хатшепсут, привела в порядок дела Обеих Стран, согласно своим предначертаниям; Египет должен был, склонив голову, работать для нее, совершенного семени бога, происшедшего от него. Носовой канат Юга, причал южан, отменный кормовой канат Северной Страны – такова она, повелительница, чьи замыслы совершенны, удовлетворяющая Обе Области, когда она говорит». Таким образом, имея, быть может, впервые перед собой подобный пример государственной ладьи, Инени сравнивает Хатшепсут, следуя живой восточной фантазии, с причальными канатами нильской лодки.