Питомниками свободомыслия стали городские нецерковные школы, число которых начиная с XII в. постоянно увеличивалось. Здесь, а затем в университетах развивалась оппозиция официальному церковно-феодальному мировоззрению. Дух протеста и свободомыслия все больше распространялся среди школяров, становившихся более учеными, но отнюдь не более благонравными. Бродячие школяры (ваганты, голиарды), пересекавшие Европу с севера на юг и с востока на запад в поисках учителей поавторитетней, школ получше и жизни посчастливей, создали свою латинскую поэзию, дерзкую, осуждающую церковь, сытых и благополучных, воспевающую радости вольной и полнокровной жизни. В их среде распространялась оппозиция городских низов существующим феодальным порядкам. Остроумные, бичующие пороки общества и прославляющие радость жизни стихи и песни вагантов знала и распевала вся Европа от Толедо до Праги, от Палермо до Лондона.
XIII столетие развивает те культурные тенденции, которые сформировались в предыдущем столетии, однако это не механическое «приращение» к тому, что уже было найдено, а их обогащение и синтез, особенно ярко выступающие в сферах интеллектуальной жизни и искусства. Развитие городов как центров ремесла и торговли, расширение культурного кругозора европейцев, знакомство с культурой Востока, прежде всего арабской, явившиеся в определенной мере следствием крестовых походов, послужили стимулами развития школьного дела и системы образования. Кафедральные школы в крупнейших интеллектуальных центрах Европы превратились во всеобщие школы (studia generalia), а затем университеты (от латинского слова universitas — совокупность, общность), бывшие объединениями преподавателей (universitas magistrorum) или преподавателей и учеников (universitas magistrorum et scholarium). В XIII в. такие высшие школы сложились в Париже, Монпелье, Салерно, Болонье, Палермо, Оксфорде и других городах. К XV в. в Европе насчитывалось около 60 университетов. Университет обладал юридической, административной, материальной автономией, которые даровались ему специальными документами государя или папы. Внешняя независимость университета сочеталась со строгой регламентацией и дисциплиной внутренней жизни. Университет подразделялся на специальные объединения — факультеты (от латинского facultas — способность). Младшим факультетом, обязательным для всех студентов, был артистический, на котором в полном объеме изучались семь свободных искусств, затем шли юридический, медицинский, богословский (последний существовал не во всех университетах). Крупнейшим университетом был Парижский, названный по имени его основателя Сорбонной. Студенты университета объединялись в землячества — провинции и нации. Каждая нация избирала прокуратора, а все вместе с преподавателями — главу университета — ректора. Преподаватели факультетов избирали деканов. Университеты получили право присуждения ученых степеней и выдачи разрешений на преподавание, что раньше было привилегией архиепископа, епископа или церковных чиновников. Обучение в университетах носило отвлеченный абстрактно-логический характер. Основные формы учебного процесса — лекция и диспут. Студенты из Западной Европы устремлялись также для получения образования в Испанию, где в это время высокого развития достигла арабская культура. Школы и университеты Кордовы, Севильи, Саламанки, Малаги, Валенсии давали более глубокие и обширные знания по философии, математике, медицине, химии, астрономии, чем самые знаменитые западноевропейские университеты.
Средневековые университеты, особенно Парижский, стали центрами схоластики. Уже вторая половина XII в. показала, что творческие потенции августино-платонического подхода в схоластике стали исчерпываться. Отсюда проистекал столь жадный интерес к философии Аристотеля, которая проникала в Западную Европу различными путями из Испании, через Толедо, где сочинения греческого философа и его арабских комментаторов начали переводить на латинский язык еще в XI в., через Византию, Италию и Сицилийское королевство, где трудились целые школы переводчиков и где особое внимание уделялось естественнонаучным сочинениям Аристотеля. Наконец, в Западной Европе делались самостоятельные переводы с греческих и даже арабских рукописей. В середине XIII в. Вильем из Мербеке заново перевел основные произведения Аристотеля, ряд важнейших комментариев к ним и отредактировал лучшие из существовавших переводов.