Орем попытался сформулировать закон падения тел, развил учение о суточном вращении земли, выдвинул идею применения координат. Альберт Сакский высказал предположения о строении земли, предвосхитившие геологические гипотезы Леонардо да Винчи, предугадал некоторые законы статики. Другой французский последователь Оккама Николай из Отрекура совсем порвал с аристотелизмом. Философы, по его мнению, вместо того, чтобы комментировать Аристотеля и Аверроэса, должны наблюдать природу. В объяснении природы Николай был близок к атомистической концепции Демокрита, считая, что реальной сущностью природы является материя, состоящая из атомов. Смелое и новаторское учение Отрекура, с которым в схоластику проникло веяние материализма, вызвало осуждение церкви, которая в 1347 г. вынудила ученого к отречению. Книги его были сожжены.
Борьба церкви с прогрессивным течением оккамизма, его неоднократное осуждение (последнее в 1474 г.) способствовали развитию и распространению, особенно в XV в., его другого направления — формально-логического, в центре внимания которого было изучение знаков — «терминов» как самостоятельных логических категорий. Схоластика вырождается в абстрактную игру слов. Словесная эквилибристика, потерявшая позитивный смысл, окончательно скомпрометировала ее, вызывая насмешки и презрение со стороны деятелей Возрождения. В XIV в. в схоластику широко проникает мистицизм. Его выразители в университетской среде Ж. Жерсон, Пьер д’Айи завершили критику аристотелизма как основы богословской системы Фомы Аквинского. Науке нет места в пропагандируемой ими «рассуждающей теологии».
Для XIV—XV вв. характерно дальнейшее развитие и накопление практических знаний, связанных с экономическими потребностями феодального общества.
Значительных успехов достигла медицина. Хотя по-прежнему главными авторитетами оставались работы античных и арабских врачей (особенно Галена и Авиценны), средневековыми врачами был накоплен большой собственный опыт. Борьба с церковью за право анатомирования трупов частично увенчалась успехом: в 1376 г. медицинский факультет в Монпелье получил разрешение на анатомирование одного трупа в год. Следом подобные права получили и другие университеты. Это способствовало более углубленному изучению анатомии. Создаются первые анатомические атласы. Усложняются хирургические операции (вплоть до трепанации черепа). Большое внимание стало уделяться санитарному состоянию городов и личной гигиене. В больших городах (Лондоне, Париже) принимаются первые постановления против загрязнения воздуха и рек. Успешно развивается фармакология. В «Салернском кодексе» Арнольда да Вилланова (1235—1313), известного испанского врача и алхимика, даются описания ядов и противоядий, лечебных свойств различных растений и способы их употребления. Делаются попытки применить данные алхимии в медицине. Они завершаются в XVI в. созданием врачом Парацельсом нового направления в алхимии — ятрохимии, в основе которой лежало использование в качестве лекарств неорганических соединений. Развитие медицины, все более освобождаясь от церковной опеки, сдерживалось ее связью с алхимией, астрологией, черной магией, которые широко распространились в условиях духовного кризиса XIV—XV вв.
Со второй половины XIII в. усиливается реалистическое направление в алхимии. Были разработаны новые методы постановки опытов, усовершенствована аппаратура: перегонный куб, с помощью которого еще в XI в. был получен алкоголь, химические печи, аппараты, применяемые для длительного нагревания на огне, фильтрации и дистилляции, открыты или усовершенствованы способы получения минеральных и растительных красок, металлических сплавов, кислот, щелочей, солей, соды. Однако начиная с XIV в. в поисках способов трансмутации металлов алхимики все больше отходят от ремесленного производства, относясь к нему с презрительным пренебрежением. Совершая опыты в глубокой тайне, они пытались достигнуть своих целей с помощью астрологических выкладок, заклинаний, молитв и гаданий. Поэтому вклад алхимиков незначителен по сравнению с ремесленной практикой этого периода.
В XIV—XV вв. новых успехов достигла география. Перевод на латинский язык «Географии» Птолемея способствовал распространению представления о земле как о сфере. Благодаря усовершенствованию астрономических инструментов и компаса создались благоприятные условия для дальних путешествий, расширивших представления европейцев о мире.