Феодосий умер в Милане через несколько месяцев после победы над Евгением и Арбогастом. Его наследниками стали два его сына – восемнадцатилетний Аркадий и одиннадцатилетний Гонорий. Аркадию предстояло управлять преторианской префектурой Востока при помощи и содействии преторианского префекта Руфина, а Стилихону, сыну офицера германского происхождения и мужу племянницы Феодосия I, – осуществлять административное управление остальной частью империи за маленького Гонория. Феодосий I мобилизовал большую часть вооруженных сил Востока для кампании против Евгения, и поэтому большинство этих людей находилось в момент его смерти на Западе. Аларих и его вестготские федераты, однако, вернулись на Балканы, восстали против правительства и начали совершать набеги на окрестные территории – до самых стен Константинополя. Весной 395 г. Стилихон двинулся на Восток против готов во главе многочисленной армии, состоящей в основном из восточных подразделений, который годом раньше сражались за Феодосия I на реке Фригид. Он столкнулся в Аларихом в Северной Фессалии, но сражения не было, потому что восточное правительство приказало Стилихону отправить восточные войска обратно в Константинополь. Стилихон исполнил требование. После возвращения солдаты убили преторианского префекта Руфина. Реальная власть на Востоке теперь принадлежала евнуху Евтропию. Вестготы Алариха еще целый год продолжали разорять Грецию. В конце концов Аларих и его люди перебрались в Эпир и возобновили союз с восточным правительством. Аларих был назначен в Иллирик военным магистром.
Война восточного и западного правительств против готов сопровождалась постоянно углубляющимся конфликтом между Стилихоном и восточным правительством. Стилихон считал себя, и имел на то некоторые основания, исполнителем последней воли Феодосия I, намереваясь распространить власть своего регентства на императора Аркадия и Восток. Существенную роль в этом конфликте играл контроль диоцезов Дакия и Македония, Восточной Иллирии. Эти территории после 380 г. какое-то время относились к Западу, но Аркадий настаивал на их возвращении, обосновывая это требование своим старшинством. Стилихон приложил руку к убийству Руфина, и преемник Руфина Евтропий, зная о намерении Стилихона приобрести влияние при восточном дворе, относился к своему западному сопернику с большим подозрением. В 397 г. Стилихон по наущению Евтропия был объявлен константинопольским сенатом государственным преступником. В течение следующего десятилетия обе части империи находились в состоянии то тайной, то открытой вражды друг с другом, даже несмотря на то, что в 395 г. Стилихон согласился уступить Восточную Иллирию Востоку.
Внутренняя политика Евтропия породила сильную оппозицию, выступавшую против евнуха. Дело закончилось его смещением и казнью в 399 г. Часть этой оппозиции была из мятежных остготов, обосновавшихся во Фригии, и их союзников-варваров. Несколько месяцев в 400 г. готы под началом своего бывшего военачальника Гаинаса занимали Константинополь. Этот кризис сообщил решающий импульс антигерманскому движению, набиравшему силу с момента заключения Феодосием I договоров с готами и последующего интенсивного проникновения в правительство и армию варварских элементов. Теперь главные силы готских повстанцев были ликвидированы – частично толпой в столице, частично имперской армией. Восточную армию очистили, по крайней мере временно, от некоторых варварских элементов, правда, после смерти Аркадия (408) германских солдат снова стали набирать в римскую армию. Однако эти новые федераты шли в нее не племенами, а по отдельности, соблюдали принятую у римлян дисциплину, служили под началом римских офицеров и потому представляли не слишком большую политическую опасность. В западной части империи такой реорганизации не было, и отряды федератов продолжали служить целыми племенами под командованием собственных лидеров. Более того, с этого времени и далее богатые и влиятельные люди в обеих половинах империи, особенно военные, часто нанимали и использовали большое количество личных кавалеристов, buccellarii, которые обычно были гуннами, германцами и прочими варварами. Как правило, они являлись отличными солдатами, но со временем оказывались источником политической опасности для западного правительства, потому что обычно были больше преданы своим нанимателям, чем императору. На Востоке регулярная армия оказалась достаточно сильной, чтобы принять федератов и не позволить buccellarii угрожать политической стабильности в стране.