Агенты Компании, которые в 1690 году отправились к имперскому двору молить о прощении, поступили так потому, что их руки были связаны многочисленными ограничениями. В качестве дополнительного унижения их заставили простереться ниц перед падишахом. Но Аурангзеб хорошо понимал ценность торговли и опасность союза Компании с маратхами. За огромные контрибуции и обещания хорошего поведения в будущем он милостиво согласился восстановить торговые привилегии и отозвать свои войска. В таком же духе всепрощения бенгальская верхушка Компании получила позволение вернуться на реку Хугли, где в 1690 году возникло постоянное поселение Калькутта и началась постройка укрепления Форт-Уильям. Поскольку первую англо-индийскую войну однозначно выиграл император Моголов, речи о фирмане идти не могло.
В начале XVIII века торговля Сурата была восстановлена, а Бомбей вступил в конкурентную борьбу. Мир с Сиди Якубом и императором Моголов сделали морские перевозки Компании естественной мишенью для закоренелого врага Моголов, адмирала маратхов Канходжи Ангрии. В книге под названием «История индийских войн», опубликованной в Англии в 1737 году, за 10 лет до того, как британцы в целом поняли, что втянуты в Индийские войны, о «войне Чайлда» говорится мало. Вместо нее упомянут цветастый отчет о почти непрерывных атаках Канходжи Ангрии на корабли под флагами Компании и об ответных мерах британцев против крепостей Канходжи на побережье Конкан. Эти «войны» будут продолжаться до середины века. Хотя в 1720-1730-х годах ни одна из сторон не могла назвать себя победителем, перевес был явно на стороне Канходжи. Соответственно страдала торговля Бомбея.
Мадрас и Калькутта, однако, процветали. Индийские предприятия Компании, в основном по производству хлопковых тканей, а также шелка, мелассы и селитры в Бенгалии и индиго в Гуджарате, оказались весьма доходными. Индийцам открылся доступ к серебру Америки, которым Компания оплачивала свои предприятия. Из серебра стали чеканить рупии, тем самым сильнее монетизируя экономику, которая становилась все оживленнее, несмотря на закат власти Моголов. Индийские банкиры, предприниматели и чиновники извлекали огромную выгоду из стабильности валюты и доступности капитала. С другой стороны, когда объем торговли вырос, возросла и зависимость от мнившегося неограниченным источника богатств. И в Лондоне, как некогда в Риме, были свои Иеремии, порицавшие истощение национальных запасов, к которому приводила такая односторонняя торговля. Но Компания, доставлявшая в Европу тафту, муслин, ситец и миткаль, забивавшая гардеробы и оббивавшая мебель, отметала критику. Она не сомневалась в поддержке акционеров, чей нарядный внешний вид сказывался на величине вкладов.
Управляющих Компанией гораздо больше занимала деятельность сотрудников в качестве личной инициативы. Английские состояния создавались в Индии не на верной службе по приобретению и отправке товаров Компании, но путем частных инвестиций в различные финансовые предприятия. Некоторые из них были связаны с торговлей. Только благодаря перевозкам между Англией и Востоком Компания могла обеспечить свою монополию. На Востоке и на территории самой Индии сотрудники Компании сумели сократить местное судоходство. Все началось в XVI веке с Государства Индия, с крупных инвестиций португальцев в торговлю в Индийском океане. Они покупали или брали в аренду суда, грузили товары, продавали страховки и, прежде всего, занимались охраной кораблей своего работодателя. В Мадрасе сотрудники Компании, американцы по рождению братья Йель накопили значительные богатства торговлей с Сиамом (Таиланд) и Кантоном в Китае. Часть богатств Элиаху Йеля пошла на колледж, а позднее университет в Коннектикуте, который носит его имя. Некоторые сотрудники Компании также вкладывали деньги (тем самым нарушая служебный долг) в торговый флот, не признававший даже монополию Компании. Это могли быть другие европейские Ост-Индские компании, например голландцы или французы. Или «нелегальные» английские синдикаты, известные как «контрабандисты». Или все понемногу — английские контрабандисты, плававшие под любым удобным для них флагом. Вверх по реке Хугли в поисках бенгальских товаров поднимались они в начале XVIII века на судах, хоть и купленных англичанами, но под флагами Ост-Индской компании, Шведской компании. Прусской компании, Королевской Польской компании и Королевской Датской компании.