Все предприятия были захвачены японцами. Скоро стало очевидным, что их интересуют главным образом нефть и продовольствие. Ввиду однородности экономических ресурсов замеченных Японией стран ЮВА новая метрополия поглощала лишь часть даже стратегических товаров Индонезии: олова, каучука, копры, что влекло за собой сокращение их производства. Еще больше сокращалось производство прочих сельскохозяйственных культур, так как связи с мировым рынком были разорваны. Это вело к безработице плантационных кули, разорению мелких товаропроизводителей в секторе товарно–экспортного земледелия. Попытка японцев переориентировать их хозяйства на производство продовольствия, риса потерпели фиаско по целому ряду причин: были утрачены необходимые навыки, не было заготовлено семенного фонда, удобрений. Большая часть скота и произведенного продовольствия реквизировалась оккупантами. Под покровом демагогических посулов «сопроцветания» бурно росли цены и развивалась инфляция, население голодало. Катастрофические масштабы приняла безработица. Японцы широко мобилизовывали молодых индонезийцев на принудительные военно–инженерные и транспортные работы для обслуживания своих оккупационных войск на материке. Сотни тысяч этих так называемых хейхо и ромуся погибли в Бирме, Индокитае, на островах. Тихого океана. За годы японского владычества от голода, болезней и жестокой эксплуатации погибло около четырех миллионов жителей Нидерландской Индии.
Осенью 1943 г. японцами на Яве была сформирована из индонезийцев добровольческая «Армия защитников родины» (ПЕТА) — территориально–вспомогательное войско на случай вторжения союзников. К 1945 г. в ней состояло около 37 тыс. человек (80 отдельных батальонов, лишенных связей друг с другом и общего командования). Подавляющее большинство офицеров были индонезийцы, инструкторы и наставники — японцы. Солдаты ПЕТА подвергались жесточайшей муштре и интенсивной идеологической обработке.
Ставка оккупантов на паназиатский шовинизм скоро оказалась битой. Безудержное ограбление страны, жестокости военщины и кэмпейтай, политика принудительной японизации — все это восстановило против японцев практически все классы индонезийского общества. В городе Понтианаке (Западный Калимантан) был раскрыт антияпонский заговор, руководимый местной аристократией. Крестьяне Явы оказывали сопротивление реквизициям, укрывались от насильственной мобилизации. В июле 1942 г. на Восточной Суматре под руководством деятелей Гериндо развернулось крестьянское восстание. Доведенные до крайности рабочие совершали акты саботажа, портили оборудование, В начале 1943 г. кэмпейтай раскрыла в Сурабае боевую подпольную организацию Гераф (Народное антифашистское движение) под руководством коммуниста Амира Шари- фуддина. 55 человек были казнены[20]
.Неудачи фашистского блока на фронтах заставили оккупантов пересмотреть тактику; они пытались опереться на авторитетных лидеров национального движения, и прежде всего на освобожденных Сукарно и Хатту. Последние, поддерживая связь с антияпонским подпольем, в свою очередь рассчитывали использовать предоставленную им общественную трибуну для пропаганды идей национального сплочения и независимости. Так, в 1943 г. японцы основали общественно–политическую организацию Путера (Центр народных сил) во главе с Сукарно, Хаттой, Мае Мансуром (лидером МИЛИ) и Ки Хаджар Деванторо.
В феврале 1944 г. оккупанты преобразовали Путера в Союз верности народу Явы во главе с теми же лидерами, но с меньшим представительством радикальных националистов, так как, вопреки их расчетам, эта организация стала проявлять излишнюю самостоятельность. Опасаясь вспышки возмущения набожных мусульман (сантри), которая могла принять форму джихада (священной войны), японцы осенью 1943 г. разрешили создать на базе МИАИ еще более широкую федерацию Машуми (Консультативный конгресс индонезийских мусульман) также с неполитическими функциями.
Осенью 1944 г. американцы в ходе вторжения на Филиппины захватили Биак, Моротаи и другие восточные острова Индонезии. Голландское радио возвестило из Австралии о создании там голландской Гражданской администрации Нидерландской Индии (НИКА), готовящейся к восстановлению колониального режима. Учитывая сложившуюся ситуацию, в сентябре 1944 г. японский премьер Койсо обещал Индонезии независимость, в будущем (имелось в виду лето 1946 г.). Отныне было позволено вывешивать национальный красно–белый флаг, исполнять гимн «Великая Индонезия». Машуми получила разрешение формировать военизированные отряды Хизбуллах.
Однако подобные политические маневры помогали мало. Сопротивление оккупантам активизировалось. Так, крупные крестьянские восстания прошли на Западной (Индрамайю, Бантен, Тасикмалайя) и Восточной Яве (Мадиун, Блитар), в Аче и на о. Хальмахера.. Близ Маланга группы сопротивления Пустили под откос воинский эшелон. Восстали папуасские племена Западного Ириана, сумевшие оттеснить японцев на побережье. Но все это были лишь разрозненные выступления. Ответом на них стал еще более свирепый террор оккупантов.