Все это показывает, насколько епископская или легатская инквизиция были неудобны, даже в самых энергичных руках, насколько это судопроизводство было неправильно и неопределенно. В последующие годы мы находим несколько примеров употребления testes synodales, как, например, на соборе в Арле в 1234 году, на соборе в Туре в 1239 году, на соборах в Безье в 1246 году и в Альби в 1254 году, а равным образом в грамоте Альфонса де Пуатье, который в 1257 году убеждал епископов учредить этих свидетелей согласно канонам Тулузского собора. За эти же годы встречаются также и отдельные случаи инквизиции легатов.
В 1237 году инквизиторы Тулузы действовали с полномочиями легатов, как уполномоченные легата Иоанна Виенского; когда в том же году население Монпелье просило помощи Папы в борьбе против ереси, то последний послал Иоанна Виенского, поручив ему строго расследовать дело. Равным образом не были приняты во внимание права епископов в 1239 году, когда Григорий IX предписал тулузским инквизиторам следовать указаниям его легата. Однако само воспоминание об этих обязанностях легатов так скоро совершенно забылось, что в 1351 году флорентийские власти просили папского легата взять обратно жалобу, предъявленную им против аббата камальдульцев, так как республика никогда не допускала, чтобы ее граждане судились по таким обвинениям кем-либо другим, кроме инквизиторов. Когда в 1257 году инквизиторы Лангедока жаловались на инквизиторскую ревность авиньонского епископа, легата Зона, то Александр IV решил, что его легат не имел никакого права действовать так за пределами своей епархии.
Общественное мнение господствующих классов Европы требовало, чтобы ересь была во что бы то ни стало уничтожена; и однако, когда кончилось открытое сопротивление, желанная цель, казалось, была дальше, чем когда-либо прежде. Епископ и легат не были способны обнаруживать еретиков, прикрывавшихся плащом верности католичеству; а когда случайно открывалось гнездо еретиков, то консисторский судья обыкновенно не был ни достаточно подготовлен, ни достаточно ловок, чтобы вырвать признание у тех, которые выставляли себя совершенно во всем согласными с учениями Рима. При отсутствии открытой вражды к Церкви, было довольно трудно раскрыть тайные мысли сектантов; для этого нужны были специально подготовленные люди, единственным делом которых было бы исследование чужих убеждений; так как необходимость в этом становилась все более настоятельной, то два новых фактора помогли разрешению задачи.
Первым фактором была организация нищенствующих орденов, особенно пригодных на работу, которая была не под силу епископским судам. Учреждение этих орденов казалось вмешательством Провидения, пожелавшего дать для Церкви Христа оружие, которого у нее недоставало. Раз была сознана необходимость специальных и постоянных судов, исключительно назначенных для подавления ереси, то казалось естественным, что они были совершенно изъяты из-под влияния местных страстей и личных счетов, которые могли погубить невинного, или из-под влияния местной протекции, которая могла оказать покровительство виновному.
Если, сверх всего, следователями и судьями являлись люди, специально подготовленные для раскрытия и обращения еретиков, если они бесповоротно отреклись от мира, если, наконец, они не могли обогащаться и были нечувствительны к приманкам мирских наслаждений, то, казалось, беспристрастное и строгое выполнение ими своих обязанностей было гарантировано. С одной стороны, действительно, надо было охранять чистоту веры, с другой – можно было рассчитывать, что здесь не будет ни давления, ни бесполезных жестокостей, вызываемых частными интересами и личной местью.
Огромная популярность монахов обеспечивала им со стороны населения усердное содействие, на какое не могли рассчитывать епископы, обыкновенно находившиеся во враждебных отношениях со своими духовными чадами, а также и с могущественными баронами и сеньорами, поддержка которых была необходима. Конечно, нищенствующие ордены были особенно преданы папству, и они сделали из инквизиции могущественное орудие для увеличения влияния Рима и для уничтожения последних остатков независимости местных церквей. Но если эти соображения помогли в течение времени расширению их деятельности, то совершенно невероятно, чтобы они руководили учреждением в начале его. Таким образом, в глазах общества XIII века устройство инквизиции, врученной в руки доминиканцев и францисканцев, казалось естественным и даже неизбежным лекарством против зол, которые тяготели над этой эпохой.