В 1244 году Иннокентий IV издал указ о том, что провинциалы и генералы нищенствующих орденов имели полное право смещать, увольнять и замещать всех членов их орденов, которые несли инквизиторские обязанности, даже и в тех случаях, когда они получили полномочие от Папы. Двенадцать лет спустя колеблющаяся политика Александра IV вызвала со стороны инквизиторов серьезную попытку добиться полной независимости. В 1256 году он утвердил за провинциалами право смещения инквизиторов; в июле 1257 года он отнял у них это право, а 9 декабря того же года снова признал его за ними буллой Quod super nonnullis, которая много раз была подтверждена как им, так и его преемниками. Последующие Папы давали противоречивые указы, пока, наконец, Бонифаций VIII не высказался за право смещения; но инквизиторы добились того, что это право могло быть применяемо только посредством правильного судебного процесса, то есть на практике оно сводилось к нулю. Правда, согласно реформам Климента V, отлучение от Церкви, снять которое мог только Папа, налагалось на инквизиторов ipso facto за три рода преступлений: 1) за незаконные преследования, вызванные дружбой, личной враждой или алчностью, и за небрежность в преследовании, исходящую из тех же мотивов; 2) за вымогательство денег и 3) за конфискацию церковных имуществ в виде наказания за проступки духовного лица; но эти меры, против которых энергично протестовал Бернар Ги, указывали только отношение курии и не имели практического значения.
Францисканцы старались привести своих инквизиторов к повиновению, давая им полномочия на определенный срок. Так, в 1320 году генерал ордена Михаил ди Чезена определил его в пять лет – срок, который, по-видимому, долгое время оставался в силе; мы видим, например, что в 1375 году Григорий XI обратился к генералу францисканцев с просьбой оставить в должности римского инквизитора брата Габриеля ди Витербо ввиду его выдающихся заслуг.
В 1439 году обязанности инквизитора Флоренции были возложены на брата Франческо да Микеле, чтобы отнять полномочия у брата Джакопо делла Биада; отсюда ясно, что назначения продолжали делаться на определенный срок, хотя Евгений IV в 1432 году предоставил генералу францисканцев Гильельмо ди Казале полное право назначать и устранять инквизиторов.
Доминиканцы, по-видимому, не применяли этого способа; мало того, все подобные меры были не в состоянии установить подчинение и дисциплину ввиду постоянного вмешательства Святого Престола, которое всегда можно было вызвать при известном умении. Инквизиторские полномочия беспрестанно давались Папой, и, по-видимому, их в таком случае мог отобрать только сам Папа. Но даже если этого и не было, то на практике не имело большого значения, что Папы признавали в теории за провинциалами право смещать, так как они всегда были готовы вмешаться в дело и решить его по-своему.
В 1323 году Иоанн XXII дал брату Пьеро ди Перуджиа, инквизитору Ассиза, грамоты, которые заранее ограждали его против возможности отрешения от должности или перемещения. В 1339 году был поднят вопрос об известном Джованни ди Борго, перемещенном генералом францисканцев и возвращенном на старое место Бенедиктом XII. Еще более роковым для поддержания порядка было дело Франциско ди Сала, которого назначил провинциал Арагонии, а его преемник – устранил. После этого Папа Мартин V в 1419 году восстановил Франциско ди Сала, признав его к тому же несменяемым. Однако в 1439 году Евгений IV, а в 1474 году Сикст IV подтвердили постановления Климента IV, согласно которым инквизиторы могли быть перемещены как генералами, так и провинциалами. В 1479 году Сикст IV распорядился, чтобы все жалобы, возбуждаемые инквизиторами, направлялись к генералу их ордена, за которым было признано право наказывать и перемещать их.
Естественным следствием этого противоречивого законодательства было то, что инквизиторы являлись ответственными перед своими начальниками как монахи, но не как инквизиторы; в качестве последних они давали отчет только Папе и утверждали, что их могут сместить только в случае доказанной неспособности выполнять свою задачу вследствие старости, болезни или невежества.
Что касается их викариев и их подчиненных, то они полагали, что последние были подсудны только им одним; всякая попытка провинциала устранить одного из этих подчиненных, являясь действием, направленным против правильного хода инквизиции, должна была вызывать подозрение в ереси. И нелегко, конечно, было вмешиваться в дела людей, столь страшно вооруженных и воодушевленных духом решимости. Горячность, с которой Эмерик разбирает этот вопрос, дает возможность догадываться о пылкости, с которой велась борьба, шедшая непрестанно между провинциалами и инквизиторами.
Злоупотребления и беспорядки, вызванные подобным положением вещей, вынудили Иоанна XXIII вмешаться и объявить, чтобы инквизиторы во всем были подчинены своим старшим и во всем слушались бы их. Но Великий Раскол подорвал авторитет Папы, и Иоанна XXIII мало кто слушал.