Если, однако, по той или другой причине, светские власти не решались предать казни еретика, то тотчас всей силой своей власти вмешивалась Церковь, чтобы привести их к повиновению. Так, после того как первое сопротивление в Тулузе было сломлено и была восстановлена инквизиция, инквизиторы в 1237 году осудили как еретиков десять мужчин и женщин; консулы и вигье отказались "принять" осужденных, конфисковать их имущество и "поступить с ними, как принято поступать с еретиками", другими словами – отказались сжечь их живыми. Немедленно, предварительно посоветовавшись с епископом, с аббатом из Ма, с прево С.-Этьенна и с приором монастыря Дорад, инквизиторы торжественно в соборном храме С.-Этьенна отлучили от Церкви упорствующих чиновников.
В 1288 году Николай IV жаловался на небрежность и на нежелание, проявленные во многих городах светскими властями, уклонявшимися от приведения в исполнение приговоров инквизиции; Папа повелел отлучить виновных от Церкви и отстранить их от должности, а также наложить интердикт на их городские общины.
В 1458 году в Страсбурге бургомистр Ганс Драхенфельс и его товарищи отказались сначала сжечь гуситского миссионера Фридриха Рейзера и его служанку Анну Вейлер; но Церковь подавила их сопротивление и заставила их исполнить приговор. Тридцать лет спустя, в 1486 году, городские власти Брешии отказались сжечь несколько колдунов и колдуний, осужденных инквизицией, требуя, чтобы им позволили рассмотреть дело. Это вполне понятное желание было признано возмущением.
Гражданские юристы, правда, пытались доказать, что светские власти имеют право ознакомиться с делом, но инквизиторам удалось устранить это притязание. Иннокентий VIII не замедлил объявить, что желание городских властей Брешии оскорбительно для веры, и приказал отлучить их от Церкви, если они в шестидневный срок не казнят осужденных; всякий муниципальный закон, противоречивший этому, был объявлен недействительным и не имеющим силы.
Более серьезная борьба произошла в 1521 году, когда инквизиция напрягала все свои силы на то, чтобы очистить епархии Брешии и Бергама от колдуний, которые, как думали, наслали заразу.
Инквизитор и судьи епископского суда энергично повели дело против этих несчастных, но вмешалась сеньория Венеции и обратилась к Папе Льву X, который поручил своему нунцию в Венеции пересмотреть процесс. Последний передал свои права епископу Юстинополиса, который в сопровождении инквизитора и епископских судей явился в брешианскую Валькамонику, где было много воображаемых еретиков, и нескольких из них осудил на выдачу светским властям.
Недовольный этим судом, сенат Венеции запретил губернатору Брешии приводить самому в исполнение эти приговоры, допускать их исполнение другими и платить судебные издержки; он должен был переслать все дело в Венецию и обязать епископа Юстинополиса явиться в сенат, что и было исполнено. Негодование Папы не знало границ. Он в энергичных выражениях подтвердил инквизитору и епископским судьям, что они имели полное и неограниченное право над виновными, что их приговоры должны быть исполнены без всяких пересмотров и расследований, и что у них было полномочие заставить признавать их права, так как они могли наложить на ослушников любое духовное наказание. Но в ту эпоху уже веял дух непокорства, а Венеция никогда не отличалась послушанием в отношении св. трибунала. Ниже мы увидим, как упорно Совет Десяти отстоял свое положение и с беспримерной смелостью подтвердил верховность своей юридической власти.
Сказанное нами дает возможность по достоинству оценить следующие слова одного из новых католических историков инквизиции: "Церковь не принимала никакого участия в телесном наказании еретиков. Все несчастные, которые погибли, были только наказаны за свои преступления, будучи осуждены королевскими судьями. История сохранила память о неистовствах, совершенных еретиками Болгарии, гностиками и манихеями, и к смертной казни были лишь присуждаемы уголовные преступники, сознавшиеся в насилиях, убийствах и грабежах. С равной снисходительностью поступали с альбигойцами…; Католическая Церковь оплакивала всякий акт возмездия, как бы ни был дерзок вызов, кинутый этими крамольными толпами".