При таких обстоятельствах деятельность севильского трибунала, как легко понять, должна была принять широкие размеры; со всех концов Испании к нему поступали доносы, свидетельствовавшие о большом распространении ереси и доказывавшие необходимость введения инквизиции и в других частях государства. Однако возможное расширение поля деятельности инквизиции вызвало недовольство со стороны лица, от которого меньше всего можно было ожидать какого-либо протеста на этот счет. Речь идет о папе Сиксте IV. Видя, что обогащается королевская казна, а Римская курия не получает никаких выгод, он всячески стремился под тем или иным предлогом отменить действие буллы 1 ноября 1478 года.
29 января 1482 года папа обратился к Фердинанду и Изабелле с буллой, в которой порицал деяния севильского трибунала, заключающего в тюрьму ни в чем не повинных людей, подвергающего ужасным пыткам мнимых еретиков и конфискующего имущество лиц по одному лишь недобросовестному доносу. Папа заявил, что необдуманно издал буллу о введении инквизиции и хотел бы сместить инквизиторов Мигеля де Морильо и Хуана Сан-Мартина, однако не делает этого из уважения к королевской чете, но предупреждает, что в случае новых жалоб на инквизиторов он поступит с ними согласно закону. При этом папа отказал Фердинанду в его просьбе устроить экстраординарные инквизиционные трибуналы в других частях Испании.
Осуждение Сикстом первых шагов деятельности инквизиции часто приводится как доказательство того, что Рим не сочувствовал ее введению и что он даже боролся против нее. Мнение это защищается весьма энергично католическими историками. Испанская инквизиция, утверждают они, есть дело рук государства, а не церкви. Она имела в виду чисто политические, а не церковные цели; она обогащала не папскую, а королевскую казну. С помощью инквизиции, не щадившей самых знатных грандов, восторжествовал королевский абсолютизм, конечная цель Изабеллы и Фердинанда; инквизиторы, дескать, были простым орудием королевского абсолютизма.
В этих утверждениях много преувеличений. Фактически абсолютизм восторжествовал в Испании до и помимо инквизиции. Важнейшие реформы в судебно-административном ведомстве Кастилии были сделаны Изабеллой независимо от переговоров с Римской курией; королевская «аудиенция», высшее судебное учреждение Кастилии, отчасти напоминавшее французский парламент, также получила свой окончательный характер до торжества инквизиции. Фердинанд без всякой помощи со стороны инквизиции уничтожил крепостное право в Каталонии и объявил крестьян лично свободными, удержав за ними право на земельные участки по уплате выкупа в размере трех солидов ежегодной ренты, с отменой уголовной юрисдикции сеньоров и с подчинением крестьян непосредственно королевской власти. Тот же Фердинанд нанес сильнейший удар феодализму, когда сам сделался гроссмейстером духовно-рыцарских орденов Сантьяго, Калатравы и Алькантары, — опять-таки без всякого отношения к учреждению инквизиции. Наконец, святая эрмандада, главнейший оплот королевского абсолютизма, тоже стала действовать до введения инквизиции. Словом, торжество абсолютизма в Испании было обеспечено независимо от инквизиции, которая могла иметь разве лишь косвенное влияние на победу принципа абсолютной монархии.
Не останавливаясь перед преследованием даже самых знатных грандов, складываясь по примеру других органов управления в строго централизованную организацию, получая для своих деятелей содержание из королевской казны и составляя как бы часть высшего совета в государстве, инквизиция неизбежно вызывала представление о могуществе монархической власти. Но не следует забывать, что широкое развитие инквизиции как органа, беспощадно и безжалостно вырывающего с корнем всякую ересь, сделалось возможным в Испании лишь благодаря долгой, упорной и беспрестанной пропаганде католической церковью идей фанатизма и религиозной ненависти. Церковь долгие годы подготовляла почву для роста этого — вначале совершенно чуждого Испании — растения.