Он родился в 1420 году в небольшом испанском городе Торквемада, в семье, давшей выдающегося духовного деятеля кардинала Хуана Торквемаду. Томас был родным племянником Хуана, чью славу ему суждено было впоследствии затмить. В петиции, поданной толедскими маранами в 1449 году Лопе де Барьентосу, епископу Куэнки, и перечислявшей аристократические испанские фамилии, в жилах которых течет еврейская кровь, упоминается, между прочим, и имя Хуана Торквемады. Если это правда, то первый великий инквизитор, с именем которого связано столько горьких для евреев воспоминаний, был еврейского происхождения.
Еще юношей Томас Торквемада приобрел большую известность благодаря своему суровому образу жизни, непреклонному характеру, строгому благочестию и необыкновенному красноречию. Горячий изобличитель ереси, Томас в резких выражениях клеймил тайных и явных врагов католической веры и своими смелыми выступлениями пленял народные массы. Толпы богомольцев спешили к юному аскету-проповеднику. Своих многочисленных приверженцев Торквемада подкупал не только пламенным красноречием, искренностью убеждений и глубокой верой в осуществление своего идеала, но и удивительным бескорыстием, выражавшимся в том, что он, несмотря на многочисленные, весьма лестные и выгодные предложения занять высокий пост в духовной иерархии, упорно отказывался от всяких титулов и почестей, предпочитая оставаться простым проповедником-доминиканцем небольшого сравнительно монастыря в Вальядолиде. Лишь в 1459 году, то есть 39 лет от роду, Торквемада согласился наконец принять звание приора в монастыре Св. Креста в Сеговии — с этого момента, собственно, и началась его карьера, так как эта обитель была излюбленным местом паломничества кастильской аристократии, не исключая и королевской семьи. Вскоре Томас был назначен духовником инфанты Изабеллы, будущей королевы. Разумеется, суровый аскет из Сеговии стремился заручиться поддержкой светской власти, которая одна только и могла повести святое дело искоренения ереси в тех грандиозных размерах, о которых он мечтал. Горячо защищая притязания Изабеллы на королевский трон, Торквемада в действительности ратовал за собственный свой идеал.
При вступлении Изабеллы на престол он, казалось, по-прежнему оставался чужд всякого честолюбия, отказываясь от архиепископского звания и кардинальской шляпы. Это особенно выделяло его из массы жадного к почестям и титулам испанского духовенства и создавало ему славу бескорыстно преданного религии проповедника, тем более что в своих обличениях он не останавливался ни перед чем, обрушиваясь подчас и на самых высокопоставленных представителей светской и духовной власти. Однако под личиной скромности Торквемада таил смелый план: он рассчитывал стать выше епископов и других членов духовной иерархии — он мечтал получить особые полномочия и возглавить борьбу с ересью. В качестве инквизитора он обнаружил необыкновенные организаторские способности, удивительную выдержку, не знавшую границ жестокость и поражавшее всех хладнокровие. Из его рук не ускользал ни один еретик; никакой грешник не мог рассчитывать на снисхождение или милосердие, когда в трибунале заседал Торквемада. Если принять во внимание, что наряду с этими качествами Томас отличался глубокой преданностью королевской семье, то станет вполне понятно, почему Фердинанд, мечтавший установить единство религии, и Изабелла, стремившаяся искоренить в своей стране безбожие, остановили свой выбор на Торквемаде, когда дело дошло до выбора великого инквизитора. Точная дата его назначения не известна; большинство историков считают началом деятельности Торквемады в этом качестве середину сентября 1483 года.