За первым допросом следовали еще два. Обвинительный акт составлялся прокурором; он состоял из большого введения, где обычно говорилось о ереси вообще, а затем перечислялись пункты, служившие обвинением против данного преступника.
В камеру подсудимому посылали копию обвинения и предоставляли ему право избрать защитника, с которым, однако, он мог совещаться лишь в присутствии ведущего следствие инквизитора; в круг обязанностей адвоката входило добиваться от обвиняемого признания, и поэтому многие отказывались от защитников.
Имена свидетелей не только скрывались, но делалось так, чтобы обвиняемый не мог угадать, кто дал показания против него. С этой целью обвиняемому не сообщалось ни времени, когда свидетель узнал о преступлении, ни места, где он видел или слышал о еретике; мало того, часто свидетельские показания умышленно искажались. Показания в пользу обвиняемого ему не сообщались, так как они могли отвратить его от признания вины. Обвиняемый мог указать трибуналу, к каким новым свидетелям следует обратиться, чтобы узнать о его невинности; обычно трибунал охотно исполнял такие пожелания и собирал новые показания, которые, однако, не читались обвиняемому.
Если виновность обвиняемого не могла быть доказана или невиновность не была очевидна, то прибегали к пытке — при условии, что за пытку высказывалось большинство трибунала. Наиболее частыми формами пытки были: связывание веревками, пытка водой, поднимание кверху и быстрое опускание вниз. Ни возраст, ни пол не могли освободить приговоренного от пытки, но иногда от нее освобождали по болезни. Беременность не считалась достаточным поводом для избежания пытки, хотя по отношению к беременным пытка иногда откладывалась. В камере пыток обвиняемому напоминали о необходимости говорить правду как до начала пытки, так и перед каждым ее усилением. Обычно пытка продолжалась час или полтора, а признание влекло ее прекращение. Нотариус записывал каждое слово пытаемого. На следующий день обвиняемый должен был подписаться под тем, что нотариус занес в протокол; отказ от данных накануне показаний влек за собой продолжение пытки. Нередко обвиняемые во время пытки умирали.
В отношении пытки не было привилегированных классов, и самые могущественные гранды подвергались ей, как и рабы; к духовенству старались применять более мягкие формы пытки; кроме того, обычно представителей духовенства пытал служитель церкви, а не светское лицо. Обыкновенно пытку производил инквизиционный алькальд, но бывало и так, что эту обязанность брал на себя городской палач. Так, в Мадриде с марта по август 1681 года городской палач получил от трибунала 44 дуката за 11 случаев пытки, то есть по 4 дуката за каждую. Если пытка ни к чему не приводила, и еретик упорно продолжал настаивать на своей невинности, то он, согласно закону, должен был быть оправдан и освобожден. На деле же после безрезультатной пытки обвиняемого очень редко отпускали на свободу. Инквизиция, как правило, не желала сознаваться в своей ошибке, а потому налагала на тех, кто выдержал пытку, в противоречии с законом и с логикой самые разнообразные наказания. Так, в 1628 году Андреса де Фонсека два раза безрезультатно пытали и после этого приговорили к десяти годам изгнания и 500 дукатам штрафа. Теодора Паула после пытки была наказана шестью годами изгнания и 300 дукатами штрафа.
По окончании пытки назначался день суда, в котором участвовали все инквизиторы данного округа, епископ или его делегат, а также советники суда. Епископ и советники осведомлялись о сущности процесса кратким резюме, которое составлял прокурор. Со временем число советников, которое сначала доходило до двенадцати, стало уменьшаться, и постепенно трибунал превратился в заседание двух-трех инквизиторов; бывали случаи, когда один инквизитор представлял собой весь трибунал.
Для вынесения приговора необходимо было не только абсолютное большинство, но чаще единогласие. Иногда чтение приговора продолжалось очень долго: так, в Кордове 13 мая 1545 года приговор мнимой святой Магдалине де ла Крус начали зачитывать в 6 часов утра и закончили в 4 часа пополудни. Еретик узнавал о приговоре часто лишь за несколько часов до его приведения в действие, когда к нему в камеру являлся тюремщик, чтобы одеть его в надлежащую одежду; этим фактически отнималась у него возможность апеллировать к Супреме. Впрочем, у приговоренных к смертной казни такая возможность была: их оповещали об ожидавшей их участи прежде дня аутодафе, чтобы они могли путем исповеди и покаяния спасти свою грешную душу.