Понятно, какое небывалое оживление внесено было этим в мертвую дотоле схоластику римско-католического богословия, которое оцепенело в светобоязни и не шло дальше механического повторения сухих формул средневековой догматики. Для многих это было в высшей степени отрадным откровением, и давало наглядное доказательство того, что богословская наука может состоять и в чем-то другом, кроме повторения схоластических положений, что она может стать на один уровень с другими науками и смело призывать разум к оправданию и утверждению вековечных истин христианства, что она одним словом может быть столь же жизненна, как и само вечно живое христианство. Но было бы удивительно, если бы не нашлись и такие, которые были недовольны таким обновлением и оживлением богословской мысли. Им казалось подозрительным все это оживление богословской мысли, а увлечение им со стороны молодежи даже и прямо опасным. В самом деле, тут богословие сводилось на философскую почву, пособниками его являлись такие мыслители, как Кант и Фихте, которые придавали слитком много значения разуму, разрушали старое миросозерцание, самые доказательства бытия Бога, на которых догматика покоилась с давних времен, считали недостаточными и все подвергали беспощадной критике и сомнению. Уж не потому ли и богословствование Гермеса получило такую жизненность, что оно всецело прониклось скептицизмом новой философии и, таким образом, разжигало сомнения в молодых умах? И вот не замедлила явиться оппозиция, которая стала во враждебное отношение к популярному богослову. Сначала втихомолку, а потом и открыто стала распространяться молва, что на богословском факультете в Бонне не все обстоит благополучно, и что там народилось направление, которое крайне опасно для римской церкви. Главными распространителями этой молвы выступили иезуиты, которые, после восстановления их ордена в 1814 году («по желанию всего христианского мира», как, с почти невменяемою наивностью, выразился папа Пий VII в своей знаменитой булле Sollicitudo от 1814 года), решили оправдать возлагавшуюся на них надежду, как на лучших стражей «правоверия». И открыто и тайно иезуиты успели составить довольно сильную партию, которая была недовольна Гермесом и его богословствованием. Тайные доносы полетели и в Рим, и оттуда уже послышались довольно явственные выражения недовольства. Мюнхенскому нунцию поручено было расследовать это дело. К счастью для Гермеса, архиепископом кельнским, которому подведомствен был боннский богословский факультет, был граф Шпигель, весьма образованный и просвещенный человек, который сам интересовался богословскими лекциями Гермеса и неоднократно лично беседовал с ним по богословским вопросам. Он не находил ничего опасного в воззрениях Гермеса и в этом смысле не раз отписывался в Рим, успокаивая зилотов уверением, что он и сам дорожит истиной, и первый подавил бы заблуждение, но такового не находит ни в учении самого Гермеса, ни его учеников. Тем не менее, оппозиция не успокаивалась и все настойчивее стала распространять молву, что Боннский богословский факультет сделался очагом новой опасной ереси – Гермесианизма!
Можно себе представить, сколько огорчений и неприятностей доставила эта подпольная вражда иезуитов знаменитому богослову, так глубоко принимавшему к сердцу интересы богословской науки, которой он посвятил лучшие годы своей жизни, трудясь над разрешением существеннейших для всякого христианина вопросов. Наиболее неприятная и опасная сторона этой оппозиции новому направлению состояла в том, что она в полном смысле была подпольная: какие-то темные силы, несомненно, работали над тем, чтобы сокрушить и задушить новое богословско-философское направление, повсюду распространялись разные темные слухи и толки, летели доносы к архиепископу и в Рим; но кто такие были эти враги, оставалось в сущности неизвестным. Они были неуловимы. Мало того, и в самых обвинениях, сыпавшихся на Гермеса и его школу, господствовала крайняя туманность и неопределенность: его обвиняли то в рационализме, то в пелагианстве, то в социнианстве, но никто не мог определенно сказать, в чем же именно. Все эти огорчения и неприятности не могли не отозваться на Гермесе, который заболел и в 1831 году скончался, оплакиваемый своими многочисленными учениками, из которых многие, как уже сказано, заняли университетские кафедры в разных городах Германии, особенно южной, а еще больше вступили в ряды духовенства, унося и в жизнь идеи своего славного учителя.