Двадцать пятого сентября он предписал Мюрату и Ланну перейти Рейн в Страсбурге с резервом кавалерии, гренадерами Удино и дивизией Газана. Мюрат должен был передвинуть своих драгун из Оберкирха в Фройденштадт, из Оффенбурга в Ротвайль, а из Фрайбурга в Нейштадт и поставить их у входа в главные ущелья так, чтобы навести на мысль о подготовке к вступлению в них всей армии. Дабы довершить обман, на это направление был заказан провиант. Несколько батальонов гренадеров Ланна должны были подкрепить эти сведения разведки; в действительности же большая часть его корпуса готовилась встать перед Страсбургом на дороге в Штутгарт и прикрывать движение Нея, Сульта и Даву, которым предписывалось перейти Рейн ниже по течению. Генерал Сонжи, командовавший артиллерией, перебросил два лодочных моста, первый – меж Лотербургом и Карлсруэ для корпуса Нея, другой – в окрестностях Шпайера для корпуса Сульта. Даву имел в своем распоряжении мост Мангейма. Маршалам предписывалось пройти через долины, спускавшиеся со Швабских Альп, и следовать вдоль горной цепи, поддерживая друг друга так, чтобы суметь помочь в случае внезапного появления неприятеля. Всем был дан приказ иметь с собой на четыре дня хлеба в ранцах и фуража в фургонах, на случай если придется выполнять форсированные марши. Наполеон покинул Страсбург только после того, как двинулись его парки и резервы в сопровождении пехотной дивизии. Первого октября он в сопровождении гвардии перешел Рейн, перед тем простившись с императрицей, которая осталась в Страсбурге с императорским двором и канцелярией Талейрана.
По прибытии Наполеона на территорию Великого герцогства Баденского его встречала семья государя, явившаяся отдать ему честь. Престарелый курфюрст был в окружении трех поколений принцев. Как все второстепенные государи Германии, он хотел пользоваться благами нейтралитета – подлинной химеры в таких обстоятельствах, ибо мелкие державы, не имея возможности помешать войне, которой желают крупные державы, не должны прельщаться надеждой отстраниться от ее невзгод путем нейтралитета: таковой невозможен, поскольку почти все они неизбежно оказываются на пути воюющих армий. Вместо нейтралитета Наполеон предложил Бадену союз с ним, обещав решить в его пользу вопросы территорий и суверенитета, которые отделят его от Австрии после незавершенных установлений 1803 года. Курфюрст Баденский в конце концов согласился на союз и обещал поставить три тысячи человек, продовольствие и транспортные средства, которые нужно было закупить в самой стране.
Переночевав в Эттлингене, Наполеон 2 октября пустился в путь к Штутгарту. До его приезда едва не случилось столкновение между курфюрстом Вюртембергским и маршалом Неем. Фридрих-Вильгельм, известный во всей Европе крайней вспыльчивостью, как раз обсуждал с французским министром условия союза, которые ему совсем не нравились. И он не хотел, чтобы до заключения союза войска входили в Луисбург, который был его загородной резиденцией, или в Штутгарт, бывший его столицей. Ней согласился не вступать в Луисбург, но навел артиллерию на ворота Штутгарта и таким способом добился их открытия. Наполеон прибыл как раз вовремя, чтобы успокоить гнев курфюрста. Тот принял его с большой пышностью и обговорил с ним условия союза, который возвеличил этот дом, как возвеличил и всех государей юга Германии. Договор был подписан 5 октября и со стороны Франции содержал обязательство увеличить дом Вюртемберга, а со стороны Вюртемберга – поставить 10 тысяч человек, продовольствие, лошадей и повозки, которые следовало оплатить при их получении.