Своеобразна судьба Виленского университета, перешедшего к России После раздела Польши в конце XVIII в. Вначале он пользовался широтой автономией и щедро снабжался срествами. Для улучшения представления на медицинском факультете и составления новых учебных планов был приглашен из Австрии И. П. Франк (1745-1821). Было организовано 7 кафедр: анатомии, патологии, хирургии, акушерства, ветеринарии фармакологии внутренних болезней. Последнюю возглавил И. П. Франк, который с переходом в Петербург (1805) передал ее сыну Йозефу Франку. И. И. Франк (1771-1842) 20 лет читал курс терапии, создал многотомный энциклопедический труд по медицине, организовал богатый патологоанатомический музей. В его клинике составлялись исчерпывающие истории болезни. Другом И. Франка был М. Я. Мудров, который являлся действительным членом Виленского медицинского общества и, находясь в 1807-1809 гг. в Вильне, регулярно посещал заседания общества и делал там сообщения. По инициативе И. Франка и Енджея Снядедкого (1768-1838) – другого выдающегося ученого Виленского университета – было создано Виленское медицинское общество, которое наряду с университетом сыграло важную роль в распространении передовых медицинских, а затем и политических, освободительных идей. Усилившееся национально-освободительное движение, вылившееся в польско-литовское восстание 1831 г., привело к закрытию университета (1832) и преобразованию его в том же году в Виленскую медико-хирургическую академию. В 1842 г. среди преподавателей и студентов была раскрыта группа членов тайного национально-освободительного общества и академия была закрыта, а многие профессора и студенты были переведены на только что открытый медицинский факультет Киевского университета.
С 1808 по 1842 г. медицинский факультет Виленского университета и Виленская медико-хирургическая академия выпустили около 1500 врачей. Среди профессоров и воспитанников Виленскбго университета и Виленской медико-хирургической академии были крупные ученые: биолог, гистолог и зоолог Людвиг Боянус (1776-1827), биолог-эволюционист Эдуард Эйхвальд (1795-1876), проф., В. Герберский, совершенствовавшийся у Р. Лаэннека, одним из первых начавший применять аускультацию и др.
Из начинаний виленских врачей особый интерес предоставляет создание Института вакцинации и Института материнства. Институт вакцинации (основан в 1808 г.) ставил перед собой задачу правильной организации оспопрививания на основе инструкций, полученных в результате непосредственной переписки с Э. Дженнером. Аналогичный институт был открыт раньше, в 1803 г. в. Риге Отто Гуном.
Институт материнства (основан в 1809 г.) был благотворительной организацией, призванной оказывать медицинскую и материальную помощь неимущим женщинам – женам ремесленников и рабочих, а также одиноким женщинам и вдовам.
Опираясь на достижения естественных смежных наук, медицина в первой трети XIX в. добилась определенных успехов.
Для русской клинической медицины первой трети XIX в., для передовых ее деятелей характерен естественнонаучный материализм, основанный на правильном понимании проблемы единства организма и его связи с внешней средой, первостепенного значения предупреждения болезней.
Для этого периода характерны становление анатомии (П. А. Загорский, Е. О. Мухин, И. Д. Книгин) как базы для клинической теории и практики и зарождение хирургической анатомии (Е. О. Мухин, И. Ф. Буш, И. В. Буяльский) как базы для оперативной и клинической хирургии. Этим была подготовлена почва для успешной деятельности Н. И. Пирогова. Наконец, несмотря на засилье иностранцев, ведущая роль в преподавании, в выдвижении и разработке научных проблем принадлежала отечественным ученым. Ими, же были созданы научные школы, составлены учебные пособия.
Крупнейшим представителем медицины первой половины XIX в., ученым, труды которого еще при его жизни стали достоянием мировой медицинской науки, был Николай Иванович Пирогов (1810-1881) – клиницист, хирург, анатом, патолог, педагог и общественный деятель, придававший огромное значение предупреждению болезней. «Будущее, – утверждал он, – принадлежит медицине предупредительной».
Все, что составляет главный вклад его в развитии медицины, было сделано им в первой половине жизни. Он вступил в стены Московского университета по особому ходатайству Е. О. Мухина четырнадцатилетним юношей в 1824 г., окончил его в 1828 г., в том же году был принят в Дерптский профессорский институт, 22 лет в 1832 г. защитил диссертацию на степень доктора медицины и хирургии, в 1836 г. получил кафедру хирургии своего учителя И. Ф. Мойера в Дерптском университете, в 1841 г. возглавил кафедру хирургии Медикохирургической академии в Петербурге, создал в академии Анатомический институт. Уже в 1856 г. он был вынужден уйти в отставку.