Патологическая анатомия лучшими отечественными клиницистами расценивалась как равноправная часть единой науки о больном человеке. Она широко и быстро внедрялась в клинику, и вскоре методы патологоанатомического исследования стали столь же необходимы, как методы перкуссии и аускультации, уже систематически применявшиеся в этот период. Ее данные широко использовались Л. С. Севруком, который с 1834 г. читал специальный курс в Виленской медико-хирургической академии, а с 1840 г. в Московском университете, А. И. Овером (1804-1864), издавшим специальный атлас, Н. И. Пироговым, Ф. И. Иноземцевым и Г. И. Сокольским (1807-1886). Последний часто начинал описание болезни не с симптоматики, а с изложения данных вскрытия. Г. И. Сокольский был выдающимся терапевтом второй трети XIX в. и своим трудом «Учение о грудных болезнях» (1838) внес много нового в этот раздел внутренних болезней. Из всех клиницистов того периода он был самым горячим поборником физических методов обследования – перкуссии и аускультации. Им дано классическое описание заболевания сердца при ревматизме, которое носит название болезни Сокольского-Буйо.
Г. И. Сокольскому, И. Т. Глебову, И. В. Варвинскому, долгие годы руководившему госпитальной терапевтической клиникой Московского университета, были чужды мысли о патологической анатомии как единственной теоретической основе клинической медицины. Напротив, они рассматривали ее в связи с физиологией и другими науками. «Патолог, – писал в 1849 г. И. В. Варвинский, – должен обращать равное внимание на патологическую анатомию, патологическую химию и патологическую физиологию».
Правильное понимание проблемы целостности организма, его единства со средой складывалось в русской медицинской науке в борьбе с односторонними умозрительными теориями, появлявшимися время от времени, завоевывавшими огромное число сторонников и быстро сходившими с арены.
Философское обоснование эти теории находили в натурфилософии Ф. Шеллинга и позитивизме О. Конта. Характерный для отечественной медицины первой половины XIX в. естественнонаучный материализм, а у наиболее передовых ее представителей (И. Е. Дядьковский) – сознательный материализм проявился во всех отраслях медицинских знаний, но ярче всего в концепциях профессоров клиники внутренних болезней. Характерным для отечественной медицины первой половины XIX в. является преодоление односторонности некоторых господствовавших теорий, произвольно объяснявших явления нормы и патологии. Эти теории подверглись критике со стороны П. Чаруковского, И. Е. Дядьковского, Ф. И. Иноземцева и др.
Несмотря на достижения отечественной медицинской науки, состояние здоровья основной массы населения – крестьян – было крайне тяжелым. Эпидемии, недороды, голод были постоянными бедствиями. Вспышки чумы отмечались в 1804 и 1806 гг. на Кавказе, в 1806 г. в Астрахани, в 1808 г. в Саратовской губернии, в 1814 г. в Одессе. Продолжались эпидемии натуральной и ветряной оспы, паразитарных тифов. В 1830 г. холера, впервые занесенная в страну из Персии в 1823 г., распространилась по всей Европейской части России, и эпидемии ее повторялись в 1847-1848 г. и 1853 г. Борьба с холерной эпидемией является примером самоотверженного служения русских врачей своему народу. Лучшие медицинские силы были собраны в специальном Комитете по борьбе с холерой. В его работе в разное время принимали участие М. Я. Мудров и И. Е. Дядьковский, Н. И. Пирогов и Ф. И. Иноземцев, Г. И. Сокольский и А. И. Полунин и многие другие. Число врачей было крайне недостаточно. Если в 1809 г. имелось 2508 врачей, то в 40-х годах их числилось свыше 8000, из них не менее
1/ 3служили в армии и флоте. Большинство гражданских врачей находились в городах. Устройство медицинской части в селах, содержание больниц всецело было предоставлено помещикам. Медицинское дело в стране находилось в ведении медицинского департамента Министерства внутренних дел.