Н. И. Пироговым введена в практику гипсовая повязка. Ему же принадлежит костнопластическая ампутация голени – первая в мире пластическая операция на кости, вошедшая в историю под названием «ампутация Пирогова».
Таким образом, Н. И. Пирогов является создателей обеспечения войск во время боевых действий. Это его наследие было широко использовано в годы Великой Отечественной войны.
Клинические воззрения Н. И. Пирогова базировались не только на непосредственной врачебной практике, эксперименте, но и на обширном патологоанатомическом материале. Только для написания труда по патологической анатомии холеры им было произведено около 800 вскрытий.
Для русской медицины второй трети XIX в. характерно продолжение передовых традиций. Физиолог А. М. Филомафитский (1807-1849) учил своих слушателей, что богатый запас наблюдений и опыта, приобретенных у постели больных: «драгоценнее всех отвлеченных умствований натурфилософии». Им создана «Физиология, изданная для руководства своих слушателей» (ч. I, 1836; ч. III-IV, 1840). Он с новых позиций, на основании новых данных науки утверждал, что жизненную силу не следует смешивать с душой, что она есть «свойство органической материи». Он и И. Т. Глебов поставили физиологию в России в ряд экспериментальных наук. А. М… Филомафитский изучал проблемы, связанные с переливанием крови, сущность которых он видел в действии «на нервную систему, а через сию последнюю и на все отправления животно-химического процесса». Он возглавил комитет по изучению наркоза, созданный в Московском университете. На его лекциях демонстрировались опыты над животными. В частности в 1842 г. был показан искусственный свищ, впервые в мире наложенный В. А. Басовым на желудок собаки. Эта операция предшествовала разработке важнейшей методики изучения условных рефлексов И. П. Павловым.
На позициях естественнонаучного материализма стоял Ф. И. Иноземцев (1802-1869). Он подчеркивал определяющую роль внешней среды в сохранении здоровья и возникновении болезней, придавая большое значение предупреждению болезней. Ф. И. Иноземцев пропагандировал связь медицины с естественными науками, «физиологическое» воззрение на больного и болезнь.
Ф. И. Иноземцев коренным образом усовершенствовал преподавание на кафедре практической хирургии. Он обосновал необходимость разделения ее на кафедру хирургической факультетской клиники и кафедру оперативной хирургии с топографической анатомией. Им была основана домашняя поликлиника, которую впервые в России он широко использовал как базу для усовершенствования врачей. Ученики Ф. И. Иноземцева стали не только хирургами, но и физиологами, терапевтами, патологами, гистологами, акушерами, дерматологами, венерологами, бальнеологами, что способствовало замещению новых кафедр, возникших во второй половине XIX в. вследствие дифференциации медицинских дисциплин.
Университетский устав 1835 г. очень быстро устарел. Развитие науки шло такими темпами, что уже через несколько лет появилась необходимость организации новых кафедр. Уже в 1840 г. Ф. И. Иноземцев подал обширный проект, предусматривавший перестройку преподавания практической медицины в России и усовершенствование клинического обучения слушателей. По проекту клиническое образование значительно расширялось. Клиники впервые делились на факультетские и госпитальные. Однако борьба за основание новых кафедр оказалась упорной и длительной.
По инициативе Н. И. Пирогова в 1841 г. в Петербургской медико-хирургической академии была организована первая в мире кафедра госпитальной хирургии, возглавленная им. По проекту Ф. И. Иноземцева в 1846 г. была основана первая в мире кафедра факультетской хирургической клиники.
Длительные споры на медицинском факультете Московского университета о необходимости образования самостоятельных кафедр педиатрии и нервных болезней не нашли организационного выражения в этот период. В 1849 г. по инициативе воспитанника Московского университета А. И. Полунина в этом университете была основана первая в России кафедра патологической анатомии. А. И. Полунин возглавил ее и успешно руководил ею, разработал методику преподавания и положил начало организации музея патологоанатомическнх препаратов. Им упорядочено секционное дело в московских больницах, что способствовало связи патологической анатомии с практической медициной. Из научных работ А. И. Полунина наибольшее значение имеют патологоанатомические исследования изменений в организме при холере (1848) и попытка доказать влияние секреции желудка на кроветворение.