Но хлопок — дело тонкое. Махинаций и приписок вокруг него всегда возникало немало. Еще 15 января 1948 года министр внутренних дел С. Н. Круглов информировал, что в период уборочной и заготовительной кампании хлопка-сырца 1947 года в Узбекской ССР было привлечено к уголовной ответственности 235 человек. А в числе методов, которые использовались преступниками, назывались хищения с использованием выписок приемщиками хлопка фиктивных квитанций колхозам. За взятки, естественно. Но в сталинские времена чистки шли повсеместно — по очереди. Новая волна чисток началась в конце брежневской эпохи. Ее связывали с энергичной политикой Юрия Андропова — руководителя КГБ. Одним из руководителей «андроповского десанта», посланного в Узбекистан, был Виктор Чебриков — будущий председатель КГБ СССР.
Итак, «Узбекское дело» началось в Бухаре с арестов в органах МВД. Это было не случайно, а явилось целенаправленным ударом по вотчине Николая Щелокова, которую сторонники Андропова уже назначили «главным коррупционным ведомством страны».
По официальной версии, операция стартовала после заявления некой женщины, обвинившей руководство бухарского УВД во взяточничестве. На самом деле, конечно же, все было куда более серьезно. «Отмашку» дали в Москве, там же расписали тактику, а узбекистанский КГБ начал действовать. Судя по всему, он действовал заодно с Москвой, поскольку давно находился в оппозиции к Рашидову и его сторонникам. Его симпатии были на стороне ферганского клана, на который сделала свою ставку и Москва. 27 апреля 1983 года, когда в Бухаре при получении взятки в тысячу рублей был задержан с поличным начальник ОБХСС УВД Бухарского облисполкома Музаффаров. Его доставили в областное УКГБ, а на обыске у него дома в сейфе обнаружили просто астрономические, немыслимые для простого советского человека ценности: 1 131 183 рубля, золотые монеты и золотые изделия, всего на сумму в полтора миллиона рублей. Оказавшись припертым к стенке, Музаффаров начал лихорадочно писать «явки с повинной», сдавая ближайших подельников. На основании его показаний был задержан директор Бухарского горпромторга Кудратов. У него изъяли более полумиллиона рублей наличными и несколько стеклянных фляг с ювелирными изделиями и золотыми монетами, всего на сумму более 4 миллионов рублей. Потом по цепочке аресты и изъятия пошли дальше и выше. Показания Музаффарова были фундаментом всего дела: все строилось на них.
Партийный лидер Узбекской ССР Шараф Рашидов — опытнейший политик — сразу всё понял. Ведь КГБ действовал в обход высшего руководства Узбекистана, выполняя прямое указание Москвы. Явной целью Москвы была смена высшего руководства республики. В Москву полетели тысячи писем, в которых их авторы жаловались на неблагополучное состояние дел в республике практически во всех областях ее жизни. Вскоре после этого в Москву был вызван сам Рашидов с явной целью вручить ему «черную метку». Руководитель Узбекистана сначала согласился подать в отставку, но, когда вернулся в республику, передумал — решил сделать это осенью, после уборки хлопка. Но Кремль не хотел ждать даже недели, а не то что полгода. В итоге аресты в республике продолжились с удвоенной энергией. В их разгаре — 31 октября 1983 года — Рашидов скончался. Каких только слухов тогда не было! Говорили и об аресте Шарафа Рашидовича, и, конечно, о самоубийстве. Возможно, что рождались слухи в тех же московских кабинетов… Скорее всего, умер он, как говорится, «своей смертью», но сгущавшиеся над ним тучи ударили по нервной системе. Сердце не выдержало.
Несмотря на то, что через четыре месяцы после смерти Рашидова из жизни ушел и сам Андропов, следственная группа в Узбекистане продолжила свою деятельность, причем с еще большим энтузиазмом. В 1984 году генеральный секретарь ЦК КПСС Константин Устинович Черненко дал согласие на арест Первого секретаря Бухарского обкома партии Каримова. За несколько десятилетий это был первый случай привлечения к уголовной ответственности партийного функционера столь высокого ранга. Хотя Каримов к тому времени успел рассовать свои богатства по тайникам, но московским следователям Тельману Гдляну и Николаю Иванову удалось их разыскать. Вот как они писали об их изъятии: «Со дна арыков, под деревьями в заброшенном саду, в гончарной мастерской, из стен — откуда только не извлекались каримовские богатства. Молочные бидоны, доверху набитые ювелирными изделиями, асбестовые трубы с упакованными в них золотыми монетами, банки из-под кофе с кольцами и ожерельями». Чтобы скрыть огромные приписки по производству хлопка, махинации перекинулись на перерабатывающую отрасль. В Россию под видом хлопка направлялись его отходы — линт и улюк, а то и просто пустые вагоны. Сложилась даже некая система расценок, взятка за пустой вагон составляла 10 тысяч, за вагон с отходами — 5–6 тысяч рублей.