Рост протеста против правителей страны привел к восстанию под руководством боевого холопа князя А. Телятевского Ивана Болотникова, начавшемуся в Северской земле, в районе Путивля в 1606 г. Болотников обратился к населению с призывом выступить в защиту царя Дмитрия, обещая всем, кто пойдет с ним, богатства и почести. Под знамена Болотникова собрались крестьяне, холопы, посадские люди, казаки, стрельцы, народы Поволжья. В сентябре 1606 г. к нему присоединились отряды рязанских дворян во главе с Прокопием Ляпуновым, а в начале октября к Болотникову пришел отряд дворян, предводительствуемых Истомой Пашковым. Но в конце ноября 1606 г., убоявшись необузданности восставших и проклятий в их адрес патриарха Гермогена, дворянские отряды перешли на сторону В. Шуйского.
Болотников, как «большой воевода царя Дмитрия», рассылал по России своих гонцов с «прелестными листами», где звал крестьян и холопов уничтожать бояр и дворян, отбирать у них вотчины и поместья. 70 русских городов поддержали восстание. На северо-западе восстали тверичи, псковичи, новгородцы, восстание вспыхнуло в Астрахани, на Тереке.
В августе 1606 г. Болотников выступил из Путивля. В начале восстания поддержку ему оказал воевода Путивля князь Шаховской. Восставшие разбили правительственный отряд князя Трубецкого и начали движение на Москву. Далее они одержали победу под Кромами. В сентябре 1606 г. в устье реки Угры восставшие вновь разбили правительственные войска. Тогда же пал Серпухов, а 7 октября Болотников со стотысячным войском подошел к Москве. Восставшие осадили город, разбив свой лагерь в селе Коломенском. Во время осады Москвы дворянские отряды ушли от Болотникова, ослабив тем самым силы восставших. Известный полководец М. В. Скопин-Шуйский привел к Москве отборные войска и 2 декабря 1606 г. под деревней Котлы нанес поражение Болотникову. Повстанцы отступили к Калуге. На помощь им к Калуге двигался отряд еще одного самозванца – терского казака Ильи Горчакова (Илейка Муромец), выдававшего себя за несуществующего сына царя Федора – Петра Федоровича. В мае 1607 г. на реке Пчельня он разгромил царские войска, дав Болотникову возможность укрыться в Туле. Там восставшие были осаждены правительственными войсками.
Правительство Шуйского принимало меры для подавления восстания. Перебежчики из лагеря восставших освобождались от крепостной зависимости. Для консолидации землевладельцев центра в 1607 г. был издан указ о пятнадцатилетнем сроке сыска беглых крестьян.
Болотников 4 месяца держался в Туле. Шуйскому даже не помогла устроенная плотина на реке Упе, которая позволила затопить город. Тогда он пообещал сохранить жизнь восставшим, если они сложат оружие. 10 октября 1607 г. ворота Тулы были открыты, но Шуйский не сдержал своего слова, и началась жестокая расправа с восставшими. По одним сведениям, Болотников сдался в плен, по другим – он был выдан своими сторонниками. В. Шуйский отправил его на север в г. Каргополь, где Болотникова ослепили и утопили в проруби.
Народные восстания продолжались и после движения Болотникова вплоть до 1615 г. В советской исторической науке в отношении восстания Болотникова имелись две точки зрения. Одни исследователи считали, что это восстание было апогеем первой в России крестьянской войны, которая проходила в стране первые полтора десятка лет начала XVII в. Другие исследователи полагали, что только восстание Болотникова следует рассматривать как крестьянскую войну в России в начале XVII в.
На современном этапе восстание Болотникова рассматривается рядом исследователей как продолжение гражданской войны, развернувшейся в России в начале XVII в. Вряд ли правомерно говорить как о крестьянской войне, так и о гражданской войне в России начала XVII в. Восстание Болотникова вряд ли можно считать полномасштабной крестьянской войной, хотя участие крестьян придавало ему некоторые черты крестьянской войны. Различные социальные слои, участвовавшие в движении, преследовали свои цели и хотели их добиться. Руководители же движения не могли подняться до того, чтобы сформулировать лозунги общерусского движения, которые бы удовлетворяли и отражали интересы всех его участников. Столь же неправомерно говорить и о гражданской войне в России в начале XVII в., так как в это время отсутствовали четкие грани социального и политического противостояния из-за незавершенности становления сословий. В эпоху Смуты не стоял вопрос об уничтожении существовавшей общественно-экономической системы.
Ни Смута, ни крестьянские войны в России не могут быть названы гражданскими войнами, потому что для этого явления характерно стремление эксплуатируемого класса свергнуть и уничтожить эксплуататорский класс, экономические и политические условия его существования и господства. В гражданской войне ставится вопрос о власти, о ликвидации всей существующей общественно-экономической системы.