В 1656 г. защитники старых обрядов были отлучены от церкви. Правительство и официальная церковь начали жестокое преследование старообрядцев. На церковном соборе 1666–1667 гг. было объявлено проклятие всем старообрядцам, они были названы еретиками. В соответствии с Соборным уложением, где за хулу на Бога и церковь полагалась смертная казнь, их стали казнить. Одним из первых погиб на костре идеолог старообрядчества протопоп Аввакум.
Реформа русской церкви затронула лишь обрядовую сторону, что вполне естественно, потому что религия рассматривалась как совокупность обрядов. Русские священнослужители, как верхний богословский слой, так и приходские священники, были весьма слабы в познаниях основ вероучения, основных догматов, Священного Писания, молитв, поэтому на первое место ставилось строгое, правильное соблюдение обрядов. Обрядовая сторона в сознании людей выдвигалась на передний план, потому что она была связана с трудовой деятельностью, должна была ее дополнять. Она была важна еще и потому, что связь со сверхъестественными силами осуществляется в ходе исполнения культа (т. е. обрядов). Учитывая святость традиций в феодальном обществе, можно понять и привязанность людей к старым обрядам: якобы их сила проверена предшествующими поколениями.
Раскол произошел не только в церкви, но и в сознании людей. Борьба за идеализированную старину привлекала всех, кто был недоволен менявшимися условиями жизни, а потому жизненные идеалы искал в прошлом, под лозунгом «старой веры». Однако дальнейшее развитие страны становилось все менее достижимым, если следовать путем религиозных чаяний и заклинаний, эсхатологических ожиданий. «Старина» уже не могла обеспечить потребности государства в ускорении промышленного развития и совершенствовании государственного управления, развитии вооруженных сил. Для этого России нужны были знающие, мыслящие, обученные люди. Все более необходимой становилась секуляризация сознания, светские знания, которые все активнее проникали в Россию, усваивались в городской среде, среди представителей образованной части правящего сословия.
Реформа церкви и победа ее сторонников привела к критическому осмыслению традиций, открыла возможность воспринимать новшества, что подготовило сознание людей к пониманию необходимости проводить в России масштабные реформы.
Складывание тенденций перехода к абсолютизму привело к столкновению церкви и государства. Патриарх Никон, будучи умным, властным и жестоким человеком, активно вмешивался в государственные дела. Он отстаивал идею мирных отношений с Речью Посполитой, сумел убедить царя начать в 1656 г. войну со Швецией за овладение побережьем Балтики, которая закончилась неудачно. Никон хотел поставить власть патриарха над властью царя, присвоив себе титул «великого государя». Он сравнивал власть патриарха с Солнцем, а власть царя с Луной, которая светит отраженным от Солнца светом. Если царь получает царство от патриарха, то ему он и обязан подчиняться. В отсутствие царя Никон был правителем государства. В приговорах Боярской думы появилась формулировка «светлейший патриарх указал, а бояре приговорили».
Глубоко религиозный царь Алексей Михайлович, находившийся к тому же под влиянием Никона, долго терпел выходки патриарха, придумавшего несколько унизительных для царя церемоний. Однако укрепившаяся самодержавная власть не могла допустить усиления патриарха и позволить ему встать вровень с царем. Постепенно Алексей Михайлович избавлялся от восторженного отношения к «собинному» другу Никону. Видя его честолюбивые устремления, царь все больше охладевал к патриарху.
Разрыв произошел в 1658 г. Переоценив свое влияние на царя, Никон, отказавшись от патриаршества, удалился в свой любимый Новоиерусалимский Воскресенский монастырь, надеясь, что царь будет уговаривать его вернуться, но надежды его не сбылись. В 1660 г. Московский собор лишил Никона сана, но он этого решения не принял. В 1664 г. Никон, вернувшись в Москву, дал знать царю, что продолжает оставаться патриархом. Примирение не состоялось, и царь отослал Никона в Новый Иерусалим.
Алексей Михайлович призвал в Москву вселенских патриархов для участия в церковном соборе, который состоялся в 1666 г. На нем Никон был осужден и низведен до простого монаха, а впоследствии сослан в Ферапонтов монастырь. Но реформа церкви, им проведенная, была утверждена. В дальнейшем царем Федором Алексеевичем он был переведен в Кириллов монастырь, а в 1681 г. ему было разрешено вернуться в Новый Иерусалим. Во время переезда туда он умер в Ярославле.