После завоевания Константинополя турками младшие братья последнего византийского императора, деспоты Димитрий и Фома, еще некоторое время держались в Морее, но, вместо взаимной поддержки, они истощали остаток своих сил в междоусобной борьбе, и потому владения их скоро сделались добычей турецких завоевателей (1460). Димитрий покорился султану Магомету, отдал ему в жены свою дочь и жил потом его милостями. А деспот Фома, оставив свою семью на острове Корфу, удалился в Рим, мечтая найти здесь не только убежище, но и помощь для обратного завоевания своих бывших владений. Папский престол в то время занимал известный гуманист Пий II (Эней Сильвий Пикколомини). Он радушно принял Палеолога, остававшегося верным Флорентийской унии, и определил ему значительную пенсию. Фома со своей стороны принес Риму в дар драгоценную святыню, именно главу св. Андрея, увезенную им из Патраса, которую римское духовенство встретило с великим торжеством и положило в базилике Св. Петра. К этой святыне деспот потом прибавил еще другую: руку св. Иоанна Крестителя. Фома Палеолог производил на римлян симпатичное впечатление величавой, красивой наружностью и оттенком печали на своем челе. Его окружал небольшой греческий двор, во главе которого стоял вельможа Траханиот. Известные кардиналы из греков, Исидор и Виссарион, своим участием облегчали ему горечь изгнания и чужбины. Пий II усердно проповедовал крестовый поход против турок и даже хотел лично принять в нем участие, но он вскоре умер (1464). А в следующем году скончался и Фома Палеолог, в то самое время, когда он с нетерпением ожидал к себе свою семью, которая по его приказу оставила Корфу и высадилась в Анконе. Он был женат на Екатерине, дочери одного из морейских владетелей, от которой имел двух сыновей и двух дочерей. Екатерина скончалась во время пребывания на Корфу. Старшая дочь Елена, бывшая в супружестве за сербским господарем Лазарем II, овдовев, ушла в монастырь. Оставались два сына, Андрей и Мануил, и младшая дочь Зоя. Они поселились в Риме под покровительством папы (Павла II) и на его иждивении. Здесь по завещанию отца, их опекуном и покровителем сделался кардинал Виссарион, который, по смерти своего друга Исидора, назначен был таким же титулярным патриархом Константинопольским. Он позаботился дать юным принцам и принцессе тщательное воспитание; причем старался внушить им привязанность не только к церковной унии, но и к самой Латинской церкви.
Принцесса Зоя еще не вышла из отроческих лет, когда покровители ее папы и Виссарион уже начали отыскивать ей достойного жениха. По этому поводу попеременно велись переговоры с некоторыми владетельными итальянскими и неитальянскими фамилиями (Гонзага, Карачьола, Лузиньян Кипрский); но переговоры эти оканчивались без успеха, отчасти по неимению приданого у невесты, отчасти вследствие интриг (со стороны Венецианской республики, имевшей виды на остров Кипр). Между тем внимание Виссариона остановилось на женихе гораздо более могущественном: на великом князе Московском. Нетрудно было расположить папу Павла II в пользу брака Иоанна с Зоей: известно, что Римская курия при всяком удобном случае возобновляла попытки подчинить Русь своему духовному господству. Того, что не удалось митрополиту Исидору, то есть соединения Русской церкви с Латинской, папа надеялся достигнуть посредством будущей супруги великого князя, воспитанной в идеях унии и латинства. Этим браком полагали достигнуть и другой цели: возникавшее могущество Москвы начинало обращать на себя внимание при европейских дворах, и она казалась весьма желательной союзницей в новых крестовых походах, замышляемых против турок. Иоанн со своей стороны был польщен предложением ему невесты из такой знаменитой царственной фамилии, с которой притом он уже состоял в дальнем родстве: так как его тетка Анна Васильевна была супругой старшего брата Фомы, императора Иоанна Палеолога.